Большинство дел решал коронный суд. Его низшей инстанцией был окружной суд, верхней — судебная палата, одна на несколько губерний. Председатели и члены судебных палат и окружных судов утверждались императором, они были несменяемы, что должно было гарантировать их от воздействия местной администрации. Отстранить их от должности можно было, только обвинив в уголовном преступлении. Независимы и несменяемы были судебные следователи, особые чиновники, которые вели предварительное следствие по уголовным делам. Все кандидаты на занятие судейских должностей должны были иметь юридическое образование. Значительная часть гражданских и уголовных дел решалась коронным судом с участием присяжных заседателей, которые выбирались из числа добропорядочных граждан мужского пола, не находящихся в услужении. Присяжными заседателями могли быть крестьяне-дворовладельцы, но в их число не попадали ни рабочие, ни прислуга. Присяжные заседатели, числом 12 человек, олицетворяли независимое общественное мнение и должны были высказаться о виновности или невиновности обвиняемого или ответчика. Меру наказания определял судья. Судебные приговоры могли быть обжалованы в судебной палате либо в Сенате, который имел право отмены или пересмотра судебных решений.
Важной частью новой судебной системы стали присяжные поверенные, адвокаты. Они участвовали в процессе и в устном состязании со стороной обвинения, которую представлял прокурор, стремились смягчить участь своих подзащитных либо доказать их невиновность.
Действие судебных уставов 1864 г. не было распространено на окраины империи — на Прибалтику, Польшу, Сибирь, Среднюю Азию, север Европейской России. Новые судебные учреждения вводились постепенно, этот процесс завершился к концу XIX в. Судебная реформа 1864 г. утверждала нормы буржуазного права, ее подготовка и проведение выдвинули плеяду выдающихся судебных деятелей, она сумела изменить отношение общества к суду, превратив судебные заседания в общественное событие и средство воспитания правосознания. Вместе с тем судебная реформа не была последовательной, и суд, созданный на ее основе, не был подлинно бессословным.
По-прежнему особым порядком решались дела по военному ведомству и в среде духовенства. На основе обычного права и в самых разных инстанциях рассматривались дела среди народов, населявших окраины. Все это далеко отстояло от нормы равенства всех граждан перед законом и отражало правительственное стремление сохранить сословную структуру общества. Российское крестьянство, составлявшее громадное большинство населения России, свои гражданские тяжбы и значительную часть мелких уголовных дел решало в волостных судах, которые были органами сословного крестьянского самоуправления, где судьи из крестьян судили только крестьян. Волостные суды руководствовались нормами обычного права, традиционными представлениями о справедливости и выносили решения на основе здравого смысла. Подготавливая судебную реформу, правительство в 1863 г. отменило телесные наказания по приговорам гражданских и военных судов. Однако они сохранились для крестьян по риговору волостных судов. Юридическая неполноправность крестьянского населения была очевидной.
Тем не менее позитивные изменения были заметны. Известный земский деятель Г. Е. Львов свидетельствовал: «Личность крестьянина была умалена, принижена, ограничена в своих правах, не была подчинена общему суду и закону, не пользовалась правами личной свободы, ее не уравняли с лицами других сословий. Так и жили мужики особым своим миром в исключительном положении. Не создали им прочного юридического положения, окончательной свободы они так и не получили, и тем не менее крестьянство в массе своей преодолевало все трудности, сумело расширить приложение своего труда в подсобных промыслах, в заработке по сторонам, пробираясь туда, куда ему были поставлены и законом, и социальными условиями непроходимые препятствия, и в общем, в пределах своего надела, с ограниченными потребностями своего быта, жило, в сущности, в достатке». Правда, следует признать, что суждение Львова исходило из представлений, характерных для традиционного общества.
Реформа системы народного образования.
В 1863 г. был принят новый университетский устав. Он стал частью реформы системы народного образования, видную роль в проведении которой играл министр народного просвещения А. В. Головнин. Новые социально-экономические условия вызвали резкий рост потребности в образованных, профессионально подготовленных специалистах, и правительство должно было пойти на отмену ограничительных мер, принятых после 1848 г. Университетский устав 1863 г. был разработан комиссией с участием либеральной профессуры. Он восстанавливал основы университетской автономии, которая была дарована еще Александром I, при этом Варшавский, Дерптский и Гельсингфорсский имели особые уставы.