Каждый из пяти российских университетов — Московский, Казанский, Петербургский, Харьковский и Киевский — должен был иметь четыре факультета: медицинский, физико-математический, юридический и историко-филологический. Устав устанавливал выборность профессорского и преподавательского состава, определял руководящую роль Совета университета в чебныхи ученых делах. Обучение было платным, проступки студентов должны были рассматриваться особым университетским судом. Университеты получали право иметь собственную цензуру, выписывать без таможенного досмотра иностранную научную литературу. Устав повышал почти вдвое профессорское жалованье, а также статус университетских должностей в Табели о рангах. Эти меры должны были показать правительственную заботу о высшей школе.
В 1864 г. были разработаны положения, регламентирующие начальное и среднее образование. Инициатива открытия начальных школ передавалась общественным силам. В значительной степени это диктовалось ограниченными финансовыми возможностями казны. Правительство оставляло за собой право контроля за преподаванием, для чего в уездных и губернских городах создавались училищные советы, возглавляемые архиереем и включавшие директоров училищ и представителей земств. Земские учреждения взяли на себя главную роль в создании системы начального образования. Земства выделяли средства на постройку школьных зданий, оплату труда учителей, на покупку пособий и учебников.
Наряду с земскими школами существовали частные начальные школы, казенные и министерские школы, входившие в систему Министерства народного просвещения, и церковно-при-ходские, находившиеся в ведении Синода. Начальные школы давали навыки чтения, письма и устного счета, в них преподавались Закон Божий и элементарные естественно-научные представления об окружающем мире. Начальная школа была бесплатной, классы были смешанными, в них одновременно учились крестьянские девочки и мальчики. Срок обучения колебался от двух до четырех лет.
Гимназический устав предусматривал создание всесословных семиклассных мужских гимназий, обучение в которых было платным. Гимназии делились на классические и реальные. Выпускники классических гимназий в значительном объеме изучали древние языки, латинский и греческий. Они имели право без экзаменов поступать в университет своего учебного округа. Власти полагали, что классическое образование препятствует усвоению материалистических идей. В реальных гимназиях, которые позднее были преобразованы в реальные училища, большее внимание уделялось точным наукам. Их выпускники пользовались льготами при поступлении в технические учебные заведения. Несмотря на декларированную общедоступность среднего образования, оно оставалось привилегией зажиточных слоев общества, способных вносить высокую плату за обучение.
Постепенно складывалась система женского образования, которой Россия прежде не имела. В губернских городах были открыты женские училища, дававшие среднее образование и аналогичные мужским гимназиям. Это были учебные заведения открытого типа для приходящих учениц. В 1870 г. они были превращены в женские гимназии. Женское образование должно было служить воспитанию будущих жен и матерей семейства. Число женских гимназий в России росло очень быстро. Сложнее обстояло дело с высшим женским образованием. К нему не были готовы ни профессура, ни студенчество. Допустив в 1861 г. свободное посещение женщинами университетских лекций на правах вольнослушательниц, правительство вскоре запретило его. Взамен стали создаваться высшие женские курсы. Это были частные учебные заведения, имевшие университетские программы. Определенную стройность система женских курсов приобрела к 1876 г. Частный характер системы высшего женского образования и недостаток средств препятствовали его развитию. Кроме того, выпускницы курсов не имели доступа на государственную службу. Между тем в новых социально-экономических условиях росла потребность женщин в самостоятельном и гарантированном заработке. В 1864 г. женщины были допущены к работе телеграфистками в пределах княжества Финляндского. В начале 1870-х гг. правительство расширило сферу женскоготруда на государственной службе. Речь шла о занятиях счетоводством, воспитанием детей и медициной.