После отсрочки намеченных реформ правительство оказалось в затруднительном положении по отношению к Государственной думе, которая критиковала и церковную политику государства. Однако председатель Совета министров П. А. Столыпин не отказывался от прежней традиционной для правительства позиции. На заседании II Государственной думы 6 марта 1907 г. он сказал: «…правительство должно было остановиться на своих отношениях к православной Церкви и твердо установить, что многовековая связь Русского государства с христианскою Церковью обязывает его положить в основу всех законов о свободе совести начала государства христианского, в котором православная Церковь как господствующая пользуется данью особого уважения и особою со стороны государства охраною. Оберегая права и преимущества православной Церкви, власть тем самым призвана оберегать полную свободу ее внутреннего управления и устройства и идти навстречу всем ее начинаниям, находящимся в соответствии с общими законами государства». В другой своей речи, 22 мая 1909 г., перед III Государственной думой Столыпин заявил, что после упразднения патриаршества вся «соборная власть» перешла Святейшему Синоду. «С этого времени в вопросах догмата, в вопросах канонических Святейший Правительствующий Синод действует совершенно автономно. Не стесняется Синод государственной властью и в вопросах церковного законодательства, восходящего непосредственно на одобрение монарха и касающегося внутреннего управления, внутреннего устроения Церкви» [739]
.Эти выдержки показывают, что правительство все еще придерживалось точки зрения Основных законов 1832 г., формулировка которых в новом издании 1906 г. не претерпела никаких изменений. Вопрос о том, выделяет ли § 65 Основных законов в издании 1906 г. церковное законодательство из общегосударственного законодательства, остался по существу на уровне теоретических споров ученых юристов. На практике же обсуждавшиеся в Государственной думе законы касались и Церкви, и уже одно то, что законопроекты вносились правительством, устраняло непосредственность отношений между монархом и Церковью. В критических выступлениях ораторов Государственной думы, которые затрагивали все области церковного управления, все более усиливались нападки именно на эти отношения, в особенности после того как обер–прокурором был назначен В. К. Саблер [740]
.