Вскорѣ послѣ занятія новгородской каѳедры владыка Макарій принялъ мѣры для введенія общинножитія въ монастыряхъ своей епархіи, для чего вызывалъ игуменовъ особножитныхъ монастырей и соотвѣтственно увѣщевалъ ихъ. Изъ 18 городскихъ или окологородныхъ “именитыхъ” монастырей 16 вняли его совѣту. Вслѣдъ за ними начали вводить общежитіе и прочія обители епархіи. Относительно быта монастырей имъ составлена уставная грамота для Духовской обители, являвшаяся руководственной и для остальныхъ. Когда два значительныхъ монастыря въ Новгородѣ отказались учредить у себя общину, архіеп. Макарій сказалъ ихъ игуменамъ: “По дѣламъ вашимъ мзду примете отъ Бога”. Проводя въ жизнь постановленіе Собора 1503 г. касательно женскихъ монастырей, онъ вывелъ изъ нихъ игуменовъ и далъ игуменій, для благочинія. Архіеп. Макарій принялъ мѣры къ дѣйствительному насажденію христіанства въ Водской пятинѣ (части будущихъ петроградской и новгородской губерній и Финляндіи), въ которой жили финскіе народы — водь и карелы. Хотя они были крещены не позднѣе начала XIII вѣка, но язычество тамъ еще держалось. Въ 1534 г. онъ преподалъ строгія указанія мѣстному духовенству о борьбѣ съ проявленіемъ тамъ язычества. Кромѣ заботъ о Софіевскомъ соборѣ и другихъ храмахъ, имъ была украшена икона Знаменія Божіей Матери. Среди обширныхъ занятій, митр. Макарій, въ бытность въ Новгородѣ, началъ свою богатую литературную дѣятельность, посвящая ей много времени. Архіеп. Макарій поучалъ народъ. Лѣтописецъ, описывая его пріѣздъ въ Новгородъ, писалъ: “Просвѣтившись силою Божіею, онъ началъ бесѣдовать къ народу повѣстями многими, и всѣ чудились, какъ отъ Бога дана ему мудрость въ божественномъ писаніи, такъ что всѣ разумѣли, что онъ говорилъ”.
Когда владыка Макарій сталъ митрополитомъ, вел. князю Іоанну IV шелъ 12-й годъ. Самовластное, унижающее и самого государя, боярское правленіе Шуйскихъ еще продолжалось. Митрополиту удалось въ 1543 г., по мольбамъ отрока Іоанна, спасти своимъ рѣшительнымъ заступничествомъ жизнь любимцу государя боярину Ѳедору Воронцову, который схваченъ былъ Шуйскими. Во время этихъ уговоровъ сторонники Шуйскихъ надавали митрополиту толчковъ и одинъ изъ нихъ, Ѳома Головинъ “у него на мантію наступалъ и разодралъ ее!” Въ 1543 г. Шуйскіе были устранены. Въ наступившемъ правленіи Глинскихъ Іоаннъ предоставленъ былъ, какъ и раньше, самому себѣ и, наряду съ естественной, изъ-за непосредственно пережитаго, ненавистью къ именитому боярству, главнымъ образомъ къ “княжатамъ” (потомкамъ удѣльныхъ князей), у него развились порочныя наклонности, никѣмъ не исправляемыя. Надо думать, что въ то время вліяніе митр. Макарія проявлялось въ объединявшей ихъ обоихъ любви къ церковнымъ книгамъ, а также въ разъясненіи владыкой государю значенія самодержавной власти. Съ одобренія митр. Макарія, Іоаннъ 13 дек. 1546 г. принялъ рѣшеніе вступить въ бракъ съ боярышней
Это событіе, великое — церковное и государственное, — а также огромный пожаръ 21 іюня того же года, обрушившійся на Москву, произвели рѣзкую перемѣну въ юномъ государѣ. Пожаръ былъ объясненъ царю — въ самый разгаръ его — священникомъ Благовѣщенскаго собора, выдвинутымъ митр. Макаріемъ,
Во время пожара вспыхнулъ и верхъ Успенскаго собора. Огонь, разрушивъ кровлю, не проникъ внутрь. Иконостасъ и сосуды церковные уцѣлѣли. Соловьевъ пишетъ: “Митрополитъ Макарій едва не задохся отъ дыма въ соборѣ: онъ вышелъ изъ него, неся образъ Богородицы, написанный митрополитомъ Петромъ, за нимъ шелъ протопопъ и несъ церковныя правила. Макарій ушелъ было сначала на городскую стѣну, на тайникъ, проведенный къ Москвѣ-рѣкѣ; но здѣсь не могъ долго оставаться отъ дыма: его стали спускать съ тайника на канатѣ на взрубъ къ рѣкѣ, канатъ оборвался, — и митрополитъ сильно расшибся, едва могъ придти въ себя, и былъ отвезенъ въ Новоспасскій монастырь”.
Пребывая въ постоянной связи съ митр. Макаріемъ, царь Іоаннъ IV въ эту пору своего царствованія проявилъ себя истинно церковнымъ, мудрымъ и рѣшительнымъ государемъ. Въ эти годы имъ былъ изданъ Царскій Судебникъ, благоустроившій весь государственный строй и даровавшій населенію права самоуправленія, завоеваны были Казань и Астрахань, основана была типографія въ Москвѣ, удачно началась война съ Ливонскимъ орденомъ за выходъ на Балтійское море. Въ согласіи съ государемъ созванъ былъ въ 1551 году церковный соборъ, именуемый