Для пониманія того, какъ велико было тогда вліяніе митр. Макарія и пресвитера Сильвестра, ранѣе служившаго въ Новгородѣ, на Іоанна, приведемъ слово сказанное царемъ при началѣ засѣданій церковнаго собора. Обратившись къ “Собору слугъ Божіихъ”, Іоаннъ говорилъ о возвышеніи и паденіи царствъ по причинамъ мудрости или буйства властей; описывалъ все испытанное Россіей во время его сиротства и юности, сперва невинной, а потомъ развратной; указывалъ на дурные примѣры бояръ, испортившихъ въ немъ сердце. Изображалъ онъ бѣдствія Москвы, обращенной въ пепелъ. “Тогда”, продолжалъ царь, “ужаснулась во мнѣ душа, и кости во мнѣ затрепетали; духъ мой смирился, сердце умилилось. Теперь ненавижу зло и люблю добродѣтель. Отъ васъ требую ревностнаго наставленія, пастыри христіанъ, учители царей и вельможъ, достойные святители церкви! Не щадите меня въ преступленіяхъ; смѣло упрекайте мою слабость; гремите словомъ Божіимъ, да жива будетъ душа моя”. Царь поручилъ собору разсмотрѣть составленные по его повелѣнію Судебникъ и Грамоты Уставныя, опредѣлявшія мѣстное самоуправленіе.
Въ 1552 г. митр. Макарій погребалъ, столь почитавшагося имъ и царемъ, св.
Относительно Стоглавнаго Собора, такъ связаннаго съ личностью митр. Макарія, сказано будетъ позднѣе. Митр. Макарій надѣялся посредствомъ его совершить полное обновленіе русской Церкви. Около 20 лѣтъ трудился владыка Макарій надъ составленіемъ Житія Святыхъ. Плодомъ трудовъ его были 12 огромнѣйшихъ фоліантовъ, которые носятъ названіе
Митр. Макарій установилъ торжественныя церковныя празднованія всѣмъ русскимъ святымъ, которыхъ Богъ прославилъ какъ таковыхъ. Вопросомъ этимъ занимались соборы 1547 и 1549 г.г. Онъ показалъ большую заботливость и о распространеніи славы святыхъ, средствомъ къ чему служатъ ихъ житія. Подъ его руководствомъ была составлена Степенная книга — исторія Россіи, изложенная по степенямъ или правленіямъ государей. Извѣстны поученія митр. Макарія: Іоанну IV при вѣнчаніи на царство и при браковѣнчаніи и рѣчь, произнесенная при возвращеніи царя изъ казанскаго похода. Замѣчательно его обличительное посланіе отъ 25 мая 1552 г. къ двинутымъ къ Казани войскамъ, которыя стоя подъ Свіяжскомъ, предались тамъ порокамъ.