Въ бытность Макарія митрополитомъ продолжала развиваться миссіонерская дѣятельность у лопарей пр. Трифона Печенгскаго и пр. Ѳеодорита. При немъ же началась просвѣтительная дѣятельность въ Казани св. Гурія и посланъ былъ въ Астрахань игуменъ Кириллъ. При митр. Макаріи получилъ свободу пр. Максимъ Грекъ. Въ 1551 г. игуменъ Троицкій Артемій, почитатель его, выпросилъ его къ себѣ къ Троицѣ. Тамъ и закончилъ онъ въ 1556 г. свою жизнь. Въ правленіе митр. Макарія было обнаружено существованіе раціоналистической ереси и еретическаго вольномыслія, близкаго къ протестантизму. Объ еретикахъ боярскомъ сынѣ
Послѣ вѣнчанія на царство Іоаннъ IV, по сговору съ митр. Макаріемъ, послалъ въ 1557 г. въ Константинополь б. архимандрита Спасо-Евфиміева мон. Ѳеодорита, просить патріарха дать утвердительную грамоту государю въ санѣ царя. Грамота эта пришла въ 1562 г., будучи подписана въ 1561 г. патріархомъ Іоасафомъ II, 32 митрополитами константинопольской патріархіи, однимъ архіепископомъ и тремя епископами.
Митр. Макарій былъ іосифляниномъ, но очень разнился отъ м. Даніила и людей его уклада. Онъ былъ человѣкомъ мира и стремился къ умиротворенію. Но онъ насаждалъ этотъ миръ чистыми средствами и чуждъ былъ угодничеству. Горячій сторонникъ вотчиновладѣнія, онъ питалъ великое уваженіе къ пр. Максиму Греку, горячему противнику такового.
“О Боже!” писалъ 5 апр. 1557 г. царь Іоаннъ IV Грозный св. Гурію Казанскому, “коль бы счастлива русская земля была, коли бы владыки таци были, яко преосвященный Макарій”. Приводя эти слова государя, Голубинскій пишетъ: “Вотъ настоящій и справедливѣйшій эпиграфъ къ жизнеописанію митр. Макарія”.
По кончинѣ митр. Макарія въ Москвѣ собраны были епископы. Исполняя желаніе государево, соборъ постановилъ, что митрополиты россійскіе должны впредь носить клобуки бѣлые съ рясами и съ херувимомъ. Митр. Макарій носилъ бѣлый клобукъ, но какъ избранный изъ новгородскихъ владыкъ. Митрополитомъ былъ избранъ инокъ Чудова мон.
Въ серединѣ 1564 г. князь Андрей Курбскій, испуганный начатыми царемъ преслѣдованіями и казнями бояръ, въ разгаръ ливонской войны, бѣжалъ во вражескій станъ. Въ Вольмарѣ принялъ его воевода Сигизмундовъ, именемъ короля обѣщая ему знатный санъ и богатство. Карамзинъ, отмѣчая прежнія заслуги его, какъ мужа совѣта и участника завоеваній Іоанновыхъ, пишетъ, что онъ “возложилъ на себя печать стыда и долгъ на историка вписать гражданина столь знаменитаго въ число государственныхъ преступниковъ”. Измѣна и послѣдовавшая переписка съ царемъ до крайности озлобила Іоанна. 3 дек. 1564 г. царь, со всѣмъ семействомъ выѣхалъ изъ Москвы. Посѣтивъ Троицкій мон., государь къ Рождеству прибылъ въ Александровскую слободу. 3 янв. 1565 г. вручена была митрополиту въ Москвѣ грамота царя. Іоаннъ обличалъ боярство и корилъ духовенство, заступающееся за виновныхъ. “Вслѣдствіе сего” — писалъ онъ — “не хотя терпѣть вашихъ измѣнъ, мы отъ великой жалости сердца оставили государство и поѣхали, куда Богъ укажетъ намъ путь”. Въ другой грамотѣ, оглашенной велегласно народу, царь увѣрялъ добрыхъ москвитянъ въ своей милости, сказывая, что опала и гнѣвъ его не касаются народа. Столица пришла въ ужасъ, всѣхъ страшило безначаліе. Всѣ дѣла пресѣклись. Народъ взывалъ: “Государь насъ оставилъ! Мы гибнемъ!”. Духовенство, бояре, приказные люди умоляли митрополита, чтобы онъ умилостивилъ Іоанна, никого не жалѣя и ничего не страшася. Гости и горожане говорили: “чтобъ государь государства не оставлялъ и ихъ на расхищеніе волкамъ не отдавалъ, особенно избавлялъ бы ихъ отъ рукъ сильныхъ людей; а за государскихъ лиходѣевъ и измѣнниковъ они не стоятъ и сами ихъ истребятъ”. Духовенство и бояре явились въ Александровскую слободу и объявили царю мольбу: пусть правитъ, какъ ему угодно, только бы принялъ снова въ руки правленіе. Царь, повторивъ всѣ свои упреки, объявилъ: “Но, для отца моего, митрополита Аѳанасія, для васъ богомольцевъ нашихъ, архіепископовъ и епископовъ, соглашаюсь паки взять свои государства; а на какихъ условіяхъ — вы узнаете” (по Карамзину и Соловьеву).