Прежде всего война эта открылась в Вильне. Как только скончался митрополит Михаил Рагоза, в виленском Троицком монастыре внезапно появился Стефан Зизаний, прежде, как известно, осужденный и отлученный от Церкви Рагозою и изгнанный из отечества королем, но потом оправданный и разрешенный православным Собором в Бресте, и снова начал проповедовать против унии. Весть об этом скоро дошла до королевского двора, а оттуда сообщена Потею; и последний еще 24 сентября, следовательно, за два дня прежде, чем получил от короля грамоту на митрополию, уже называя себя нареченным митрополитом, писал виленскому "протопрезвитеру" Ивану Парфеновичу, чтобы он немедленно донес, правда ли, что Зизаний проповедует в Троицком монастыре, и не с дозволения ли виленских православных бурмистров и мещан, и если правда, что монастырская церковь "осквернена" проповедию проклятого человека, то запечатал бы ее в присутствии верных свидетелей и не дозволял бы ему ничего в ней более совершать. Вслед за тем и сам король писал (29 сентября) виленским бурмистрам и мещанам русской религии, выражал им свое неудовольствие за то, что они допустили проклятого Зизания проповедовать в своих церквах будто бы противное древней греческой вере, и, извещая о назначении для них нового митрополита Ипатия Потея, приказывал повиноваться ему во всем, и впредь более не терпеть кознодеев, подобных Зизанию, и не дозволять им проповедания в церквах под опасением в противном случае заплатить три тысячи коп грошей литовских: половину на короля и половину на митрополита. Виленские бурмистры, радцы и лавники русской веры, под управлением которых состоял Троицкий монастырь, уведомили (7 октября) Парфеновича, что Стефан Зизаний вошел в монастырь без их ведома и позволения, своевольно, и выйти оттуда не хочет, сколько они ни старались его выслать. Парфенович послал двух священников спросить Зизания, с чьего дозволения он вошел в монастырь и в нем пребывает. Зизаний отвечал: "Я вошел не с ведома бурмистров и радцев, а с ведома и позволения о. Иоасафа, архимандрита троицкого, и за его благословением говорю проповеди в церкви, и не выйду из монастыря никаким образом". После этого монастырская церковь была запечатана в присутствии новгородского воеводы Скумина-Тышкевича виленским протопопом Григорком (если это не прозвище Ивана Парфеновича, то надо допустить, что он или тогда уже скончался, или за что-либо был удален от места митрополитом Потеем). Зизаний послал известие о себе и о запечатании церкви во Львов к члену тамошнего братства Юрию Рогатинцу, который отвечал (16 ноября), что если Зизаний проповедует по воле всего виленского Троицкого братства, то поступает хорошо, и советовал не смущаться запечатанием церкви, но только без нужды не раздражать Потея. Потей, однако ж, был уже раздражен до последней степени: на самую жизнь Зизания было сделано покушение, так что он едва спасся чрез камин или дымовую трубу и бежал из Вильны. Братство внесло протест в виленские городские книги (14 декабря 1599 г.), в котором от имени всех православных жителей Вильны заявляло, что они не признают Потея своим пастырем, отказываются от послушания ему и что он, не будучи их пастырем, насильно привлекает их под свою власть.