Впрочем, братство старалось вознаградить свои потери и в 1605 г. имело уже при Свято-Духовской церкви свой братский православный монастырь, мужской, с особым отделением для женского, как было и при Троицком монастыре: с этого года и можно считать существование виленского Свято-Духова монастыря. Имело также у себя и двух новых священников, Иосифа Яцковича и Ивана Семеновича, и пригласило к себе из Дерманского монастыря ученого иеродиакона Антония Грековича, которому кроме иеродиаконской должности в своем монастыре поручило как бакалавру в заведование и свою братскую школу. К сожалению, этот самый иеродиакон скоро подал повод к новому и весьма сильному столкновению братства с митрополитом Потеем. Грекович был уличен в преступной связи с черницею того же монастыря Екатериною Лычанкою в ее келье и, опасаясь последствий, тайно бежал из монастыря чрез ограду и отдался под защиту Потея. Священники и старшины братства подали на Грековича донос как на преступника и беглеца в виленский трибунальный суд. Грекович лично на суд не явился, но прислал лишь объяснение (16 июля 1605 г.), что он как лицо духовное подлежит суду только своего митрополита Ипатия Потея, а не трибунальному. В тот же день и Потей написал трибунальным судьям, чтоб они не нарушали его прав и не судили иеродиакона Грековича, как подлежащего его суду. Но уполномоченный от братства доказывал, что заявления Грековича и Потея не заслуживают уважения, потому что Грекович посвящен в сан иеродиакона не Потеем, а Белградским митрополитом Лукою, экзархом Цареградского патриарха, и служил доселе в братском православном монастыре, где и учинил свой проступок, состоя под духовною властию не Потея, а патриаршего экзарха Гедеона, епископа Львовского, и потому вообще, что православные в Вильне и во всей Литве и Польше не признают Потея своим архипастырем за его отступление в унию, как не раз заявляли в своих протестах. Трибунальный суд судил Грековича заочно (20 июня) и осудил его на смерть или на всегдашнее изгнание, о чем и положил представить королю. Потей пожаловался королю на нарушение его митрополичьих прав трибунальным судом, и король своею грамотою (23 июля) отменил решение трибунального суда.
Не довольствуясь этим, иеродиакон Грекович подал еще Потею жалобу на братских священников, будто бы они совершенно невинно его обесславили, выдумав на него небылицу, и притом позвали его, лицо духовное, не на духовный суд, как следовало бы, а на светский. Потей и его капитула обвинили обоих братских священников за то и другое и положили им наказание, не обращая внимания на их протесты. Братство чрез двух своих старост принесло жалобу на Потея в главный трибунальный суд, и суд решил (12 августа), что Потей вышел из пределов своего права, что братство и его попы как православные не подлежат его юрисдикции и что он мог и должен был ведаться с ними только пред Цареградским патриархом или его экзархом, т. е. епископом Гедеоном Балабаном. Такое решение трибунального суда тотчас огласилось между православными повсюду и произвело между ними общую радость, но ненадолго. Король по просьбе Потея издал указ (29 августа), которым отменил приговор трибунального суда, объявляя, что последний не имел права судить митрополита Потея и что все вообще светские суды не должны вмешиваться в дела духовные, как и духовные суды - в дела светские, и в тот же день издал декрет о баниции обоих братских священников как бунтовщиков, по доносу Потея. Тогда братство принесло на Потея жалобу чрез тех же своих старост в генеральный сейм, и возный повета Виленского два раза передавал в Вильне Потею господарские позвы (22 октября 1605 г. и 11 января 1606), чтобы он по той жалобе явился на суд генерального сейма. Чем кончилось дело, неизвестно. Но братство опять лишилось своих священников и воротить их не могло.