Виленские бурмистры, радцы и лавники еще в 1596 г. жаловались королю, что Свято-Троицкое братство без их ведома испросило себе у него грамоту (от 9 декабря 1592 г.), которою братские дома в Вильне освобождены от постоя и других городских повинностей и которою нарушаются право и интересы всего города. Король тогда же (24 января) приказал братству прислать своих уполномоченных на королевский суд для ответа. Но разбирательство этой жалобы по разным причинам отлагалось с году на год. Братство, не надеясь найти правосудия у короля, явно не благоприятствовавшего православным, желало только одного, чтобы дело это разбиралось не задворным королевским судом, где все решал канцлер с несколькими находившимися при короле сенаторами или коронными чиновниками, а на генеральном, или вальном, сейме. Об этом не раз просило братство короля, на это согласились было и уполномоченные виленского городского управления во время сейма 1600 г. и дали даже письменное обязательство, что они перенесут свой спор с братством из задворного королевского суда на решение следующего генерального сейма. Но когда король прибыл в Вильну, бурмистры и радцы вопреки данному обязательству упросили короля порешить их спор с братством задворным королевским судом, воспользовавшись отсутствием из Вильны знатнейших членов братства, и успели получить королевский декрет, которым уничтожались привилегии братства. Не довольствуясь этим, бурмистры начали домогаться, чтобы отнять у братства и самые домы, где помещались братское училище и братская богадельня. Когда открылся сейм 1603 г., братство выслало туда своего уполномоченного, горько жаловалось на притеснения и обиды со стороны Потея и бурмистров и умоляло членов сейма походатайствовать пред королем, чтобы претензии виленских бурмистров против братства были рассмотрены на сейме, чтобы отменен был декрет королевского суда, уничтожавший привилегии братства, и чтобы снята была баниция с двух братских священников, несправедливо осужденных Потеем. Жалобы братства приняты были многими на сейме с большим сочувствием, но сейм этот разошелся преждевременно и в пользу братства не успел ничего сделать.
Таким образом, Потей уже одержал над братством и вообще над православными в Вильне немалые успехи. Он оттеснил братство от Троицкого монастыря, запечатав придел Троицкой церкви, в котором проповедовал Зизаний и который один только и принадлежал братству; отнял у братства обоих священников, которых оно имело у своей церкви Святого Духа, и если еще не совсем отнял при помощи бурмистров самые привилегии братства, то сделал их спорными и сомнительными. Оттеснив братство от Троицкого монастыря. Потей основал при нем еще в 1601 г. свой униатский митрополичий коллегиум, или семинарию и 15 августа "иеромонах и презвитер надворный" митрополита Потея по его приказанию "подал в моц и в держане честному Петрови Федоровичу Сурометниковичу, старшому на тот час того семинариум", фольварк Печерск с двумя селами, принадлежавшими митрополиту. Этот Петр Федорович был первым ректором основанной в Троицком монастыре униатской семинарии и в 1604 г., конечно по поручению Потея, издал книгу под заглавием: "Оборона Собору Флорентийского Осмаго против фальшивому, недавно от противников згоды выданному" (т. е. против "Истории о листрийском, разбойническом… Соборе", изданной в 1598 г. в Остроге; а какой-то виленский архимандрит Геласий Русовский перевел названную книгу и на польский язык и издал тогда же.