Настояния подействовали на Сигизмунда, и он, опасаясь волнений, обратился с просьбою к папе Клименту VIII отменить прежнюю буллу, которою Киевская лавра предоставлялась униатским митрополитам. Папа согласился и отменил эту буллу своим бреве (от 19 июля 1603 г.), но с тем, чтобы король вознаградил митрополита за лавру чем-нибудь другим, и чтобы старанием короля впредь назначался на архимандритство в лавру добрый католик. Потею очень не хотелось отказаться совсем от имений лавры, и он что же придумал? Он объявил королю, что отказывается от имений лавры, находящихся в Короне Польской, а желает только удержать за собою ее имения, находящиеся в великом княжестве Литовском. И король своею грамотою от 20 февраля 1605 г. утвердил за Потеем эти последние имения. Но не прошло и двух дней, как король по просьбе чернецов Киево-Печерского монастыря, которые наконец сами избрали себе нового архимандрита, Елисея Плетенецкого, и вместе по ходатайству князя К. К. Острожского и сына его Януша (латинянина) отдал (22 февраля) Печерскую лавру архимандриту Елисею со всеми имениями, какие только ей принадлежали и какими владели ее прежние архимандриты, следовательно, и с теми, которые находились в княжестве Литовском: верно, королю объяснили, что не следует идти против папского бреве, им же самим испрошенного. А чтобы вознаградить Потея за потерю, король пожаловал ему (3 марта) Лещинский монастырь со всеми его имениями, в котором прежде настоятельствовал Елисей Плетенецкий. Но Потей не хотел отказаться от имений лавры, находившихся в княжестве Литовском, упорно удерживал их под своею властию и вел из-за них тяжбу с Елисеем Плетенецким до конца своей жизни, равно как и Плетенецкий, будучи уже архимандритом Киевской лавры, не хотел уступить Потею Лещинского монастыря и старался вытеснять из него тех, кому передавал Потей управление монастырем. Пытался также Потей возвратить себе от лавры те митрополичьи имения, которые "увязаны" были ей по суду в 1598 г. за долг ей митрополита Михаила Рагозы в 8000 коп грошей литовских. Но и тут потерпел неудачу. Архимандрит Елисей Плетенецкий вместе со всею братнею отвечал возному земли Киевской, прибывшему с королевскою грамотою для отобрания этих имений и передачи митрополиту, что с них еще не получена монастырем вся сумма, какая определена судом, и до тех пор, пока она вполне не будет уплачена, монастырь не отдаст и не уступит митрополичьих имений и будет оборонять их.
Вскоре по вступлении Ипатия Потея на митрополитскую кафедру ему пожалован был (28 декабря 1599 г.) в управление до его живота Свято-Троицкий монастырь в Слуцке опекуном слуцкой княжны Софии, виленским каштеляном Иеронимом Ходкевичем, с тем чтобы в монастыре хвала Божия отправлялась всегда "под едностью святою и згодою с Костелом католицким". При увязанье этого Слуцкого монастыря и его имений за Потеем последний не встретил никаких сопротивлений: ярый латинянин Ходкевич не мог бы допустить того. Но в среде слуцкого белого духовенства нашлись лица, которые не хотели покориться новому митрополиту как униату. Получив об этом известия, Потей написал к слуцкому духовенству послание (29 мая 1600 г.), в котором, величая себя не только митрополитом Киевским и владыкою Владимирским, но также и архимандритом печерским и слуцким, убеждал непокорных повиноваться ему как своему законному архипастырю и в заключение присовокуплял: "Знаю причину вашей непокорности, вы боитесь новины, но не всякому духу верьте. Пишу к вам как отец к детям, как пастырь к овцам, не столько моим, сколько Христовым. Но если вы пренебрежете и этим нашим отеческим напоминанием, то на непослушных есть и иное лекарство, о котором вы сами ведаете из правил богоносных отцов, а короче сказать: помните, что я вам не Рагоза". Вслед за тем Потей послал своего наместника слуцкого протопопа Афанасия Герасимовича, разумеется преданного унии, чтобы он обозрел все церкви не только в Слуцке, но и в окрестных местах и обратил внимание, как священники совершают таинства и службы, преподал церковным причтам надлежащие наставления и вразумления, раздал им святое миро от имени Потея, собрал с них Потею обычные куницы и таким образом утвердил в духовенстве подчиненность и покорность новому, униатскому митрополиту.