Святой Иоанн написал несколько монументальных трудов, главным из которых был «Источник знания», где он дал сопоставление и краткое изложение взглядов ведущих церковных авторов предшествующих времен. Это сочинение, первую из дошедших до нас summa theologica, использовали Петр Ломбардский и Фома Аквинский, оно стало эталоном для будущих великих схоластов. Многие труды Иоанна переведены на латынь; он почитался святым и в греческой, и в римской церквях. Особый интерес для нас представляют два написанных им диалога между христианином и сарацином, где подчеркивается божественность Христа и свобода воли человека. Это сочинение задумывалось как оправдание христианства и руководство для христиан в их спорах с мусульманами. Вероятно, в его основу легли дебаты, которые велись в присутствии халифа и где принимал участие сам Иоанн. Оно свидетельствует о том, что и Коран, и хадисы он знал как свои пять пальцев. Что касается жития пустынника Варлаама и индийского царевича Иосафата, пожалуй, самого известного религиозного романа Средневековья, то его ошибочно приписывают святому Иоанну. Латинский и греческий варианты восходят к арабскому переводу с пехлевийского языка уже после времен святого Иоанна. История представляет собой христианскую версию жизнеописания Будды, который под именем Иосафат (или Иосаф), как ни странно, сделался святым и был канонизирован как латинской, так и греческой церквями.
Заметное место в жизни святого Иоанна занимала защита икон как средства богопочитания; он подчеркивал, что, поклоняясь иконам, люди поклоняются не предмету, а тому, что на нем изображено. В то время император Лев Исавр, возможно желая заручиться благосклонностью мусульман, активно боролся с иконами. Таким образом, Иоанн навлек на себя гнев императора. Незадолго до своей смерти он совершил поездку по Сирии, выступая против иконоборцев, и даже побывал в Константинополе, рискуя жизнью. По его мнению, обрядность в ее разнообразных аспектах представляла огромную важность. Он сам сочинял гимны (некоторые из них до сих пор еще остаются в протестантских сборниках), красота которых достигает самой высокой ступени в церковной поэзии. Он был последним из греческих отцов церкви. Как богослов, оратор, апологет, полемист, отец византийского искусства и музыки, святой Иоанн являет собой истинное украшение церкви в эпоху халифата.
Движение кадаритов-мутазилитов было первым шагом на пути к ослаблению всеобщности мусульманской ортодоксальной теологии. Вторым стали мурджииты. Основной принцип веры этой секты состоял в отсрочке (ирджа) наказания совершивших грехи верующих, которые тем самым еще не выводятся из числа верующих. С точки зрения мурджиитов, действия не имеют отношения к вере. Это учение возникло в оправдание халифов Омейядов, которых обвиняли в отходе от религиозных законов. Последователям этого учения было достаточно того факта, что Омейяды номинально оставались мусульманами; и весь народ должен был подчиняться им как фактическим политическим вождям ислама. И Али, и Муавия были слугами божьими, и только Бог может их осуждать. В атмосфере терпимости этой школы вырос великий богослов АбуХанифа (умер в 767 г.), основатель первой из четырех ортодоксальных школ юриспруденции в исламе.
Подобно мурджиитам, хариджиты были религиозно-политической школой мысли. Они восходят к более ранним временам, когда часть сторонников Али возмутило его согласие на рассмотрение его притязаний на халифат третейским судом. Бывшие приверженцы Али, хариджиты стали его заклятыми врагами. Они стремились поддерживать первозданные демократические принципы чистого ислама и с этой целью пролили потоки крови в первые три века исламской истории. Они выступали против предоставленной курайшитам прерогативы, в соответствии с которой халиф непременно должен быть из их числа, запретили культ святых с сопутствующими ему паломничествами и суфийские братства. До наших дней они сохранились в виде ибадитов (часто называются абадитами) – по имени Ибн Ибада, жившего во второй половине первого века ислама, и разбросаны по Алжиру, Триполитании, Оману и Занзибару.
Значительно более существенной общностью были шииты, один из двух враждебных лагерей, на которые разделились ранние мусульмане по важнейшему вопросу о халифате. Другим лагерем были сунниты. Именно в период Омейядов шиизм обрел свою характерную форму. Элементом, который отличал шиитов (сторонников Али) и суннитов (ортодоксов), была идея имама, преемника Мухаммеда и предводителя ислама. Шииты так же крепко держатся за веру в Али и его сыновей как единственных истинных имамов, как католики держатся за веру в преемственность от Петра. Пророк сделал посредником между Богом и человеком откровение – Коран; шииты сделали посредником человека – имама. К суннитскому «верую в единого бога Аллаха» и «верю в откровение Корана, несотворенного, вечного» шииты добавили свой символ веры: «верую, что имам, особо избранный Аллахом как носитель части божественной сущности, ведет к спасению».