С точки зрения социализации и политического контроля другим чрезвычайно важным шагом было упразднение национальных частей в Красной Армии. Армия, как и начальная школа, является, возможно, в современных обществах самым важным фактором, служащим укреплению чувства национального единства среди молодых людей. В 1920-х гг. с введением всеобщей воинской повинности предпринимались попытки — возможно, неосознанные, — создания этнически гомогенных частей или таких, где представители местных народов по крайней мере преобладали количественно. Даже на этой стадии командирами обычно были украинцы или русские. В 1938 г., однако, политика формирования национальных воинских частей была свёрнута — новобранцы принудительно направлялись в соединения смешанного этнического состава, расквартированные далеко от их родины. Русский язык стал языком военного обучения и командования, таким образом, новобранцы теперь должны были хоть в какой-то степени овладеть языком империи, если начальная школа не дала им необходимых знаний. Так Красная Армия в большей, чем ранее, степени стала плавильным тиглем многонационального общества. Как позднее заявил Брежнев, «Наша армия… школа интернационализма».
Новая национальная политика Сталина самым прямым и грубым образом проявилась в захвате новых территорий в 1939–40 гг. В соответствии с советско-германским пактом от августа 1939 г. Советский Союз оккупировал Восточную Польшу (или, если кому-то это нравится больше, Западную Украину и Западную Белоруссию) и получил разрешение аннексировать Эстонию, Латвию и Литву, что и было сделано летом 1940 г. Три балтийских государства испытали на себе воздействие совершенно такой же национальной политики, что проводилась в Советском Союзе, и подверглись в равной степени и русификации, и советизации. Надзирать за процессом поглощения этих государств Союзом были направлены специальные уполномоченные: Жданов в Эстонию, Вышинский в Латвию, и Деканозов, заместитель наркома иностранных дел, в Литву. Они старались завербовать как можно больше агентов из числа местного населения — тех, кто отказывался, арестовывал НКВД. Под давлением советского правительства были проведены новые выборы — оппозиционные политики лишались права быть избранными, а созываемые ими митинги разгонялись. Многих арестовали. В результате подобных действий были избраны просоветские правительства, которые, как и следовало ожидать, попросили принять возглавляемые ими государства в состав Союза.
В последующие годы советская власть произвела полную трансформацию социальной структуры балтийских республик. Были заморожены все банковские счета, превышавшие очень незначительную сумму. Предприятия и заводы национализированы. В ходе радикальной земельной реформы все земли, кроме крохотных частных владений, экспроприированы. Из них был сформирован Государственный земельный резерв. Чистке подверглись школы и высшие учебные заведения — в них ввели стандартные советские программы. Из библиотек «вычищались» книги, где превозносилась национальная независимость или возвеличивалась национальная история. Для того чтобы предотвратить появление более или менее заметной оппозиции, проводились систематические широкие депортации. Они преследовали целью изгнание с родины всех известных деятелей некоммунистических партий, всех чиновников «буржуазного» режима, землевладельцев, предпринимателей, духовенства и наиболее заметных интеллектуалов. Только за одну ночь (14–15 июня 1941 г.) было депортировано 60.000 эстонцев, 34.000 латышей и 38.000 литовцев. На сборы им давалось лишь несколько часов, после чего их сгоняли на железнодорожные станции, грузили в телячьи вагоны, в которых они без нормальной пищи и воды, в совершенно антисанитарных условиях ехали в Сибирь или Среднюю Азию. Многие по дороге погибли. Семьи обычно разделялись — мужчин отправляли в трудовые лагеря, а женщин и детей на поселение. Таким образом были высланы 4% эстонцев, 1.5–2% латышей и литовцев — все те, кто мог возглавить оппозицию новому режиму. Их дома и рабочие места заняли русские, специально переселённые в Прибалтику. В то же время уровень жизни в государствах Прибалтики был относительно высок, и поэтому многие заводы демонтировались, а их оборудование отправлялось в другие республики. Конфискованные зерно и скот использовались для снабжения продовольствием городского населения и армии по всему Советскому Союзу.