Гитлеровское вторжение, разумеется, принесло советским евреям страшные бедствия. Многие погибли в массовых экзекуциях. Особой известностью среди страшных мест массового уничтожения пользуется урочище Бабий Яр близ Киева. Оставшихся немцы отправляли в лагеря смерти на территории оккупированной Польши. По переписи 1940 г. в Советском Союзе насчитывалось 4.8 млн. евреев; эта цифра сократилась до 2.3 млн. в 1959 г. Самые страшные последствия имела война для еврейского населения старой черты оседлости, в большей мере сохранявшего свои традиции. Относительно ассимилированное население городов пострадало в меньшей степени. Можно даже предположить, что учинённая Гитлером жестокая резня была прежде всего направлена против тех, кто сохранял особую еврейскую культурную специфику, и меньше коснулась евреев, так или иначе поглощённых уже основной советской — или русской — нацией, что немало способствовало дальнейшей ассимиляции.
Однако полной ассимиляции не произошло, что объясняется двумя причинами. Одной из них стало то, что советское правительство вернулось к традиционному для России антисемитизму. Другой причиной был, разумеется, «пятый пункт».
Антисемитские предрассудки резко усилились среди русских и украинцев во время революции, что привело к отвратительным погромам. В последующие годы предрассудки эти отнюдь не стали слабее. Так, например, в 1920-е гг. нэпманов часто считали евреями, причём некоторые члены партии ничего не делали, чтобы противостоять этим взглядам. Позднее те относительные успехи, которых евреи достигли в образовании и в престижных профессиях, вызывали растущий ропот и противодействие. Однако антисемитизм не стал официальной политикой до 1945 г., когда евреи почувствовали на себе клеймо «пятого пункта». Паспорта с этой графой, были необходимы при поступлении в учебные заведения, на работу или для получения жилья. Так, например, рассказывают, что в 1947 г. в Московский университет была спущена жёсткая квота на приём евреев, и были упразднены привилегии для медалистов-евреев, которым ранее давали право не сдавать обязательные для всех высших учебных заведений Советского Союза вступительные экзамены. Виктор Перельман, бывший сотрудник «Литературной газеты», рассказывал, как он, окончив в 1951 году юридический институт, не мог получить работу по специальности. Сначала устроился библиотекарем, а потом стал журналистом. Диссидент Владимир Буковский вспоминал со стыдом, как во время истерии вокруг «Заговора врачей-убийц» одного мальчика-еврея из его класса ежедневно избивали перед началом занятий; учителя не пытались защитить его, а просто отправляли его смыть кровь и грязь.
Образование в 1948 г. государства Израиль сделало евреев вдвойне непохожими на любой другой народ Советского Союза. Мало того, что у них не было своей этнической территории в пределах СССР — таковая потенциально появилась у них за границей. В условиях послевоенной бдительности, если не истерии, по поводу изменников и шпионов, такое положение могло привести — и привело — лишь к одному: государственная политика в отношении евреев из простой дискриминации превратилась в прямые репрессии. Сталинская кампания борьбы с «космополитами» была направлена прежде всего против евреев, и именно им более всех других угрожало тогда увольнение с работы или арест. Людей призывали выявлять «сионистов», т.е. тех, кому приписывалась измена идее социалистического отечества и работа на национальное государство Израиль. В 1949–52 гг. на процессах восточноевропейских коммунистических лидеров обвинения в «сионизме» предъявлялись постоянно. Кампания поношения достигла такого накала, что со дня на день ожидалось начало репрессий против евреев в общенациональных масштабах. В 1948 г. был неожиданно распущен созданный во время войны Еврейский антифашистский комитет. Председатель комитета, выдающийся еврейский актёр и режиссёр Соломой Михоэлс, был убит по приказу Сталина. Еврейский театр в Москве закрыли, были арестованы практически все известные еврейские писатели и деятели культуры. Из них расстреляны в 1952 г. двадцать шесть человек. Их обвиняли в том, что они собираются превратить Крым в еврейскую территорию, отторгнуть от СССР и передать англичанам и американцам. Появились слухи, что всех евреев вскоре должны отправить в Сибирь.
Именно в этой атмосфере Сталин начал фабрикацию «Дела врачей-убийц», которому суждено было сыграть свою роль в таинственных обстоятельствах его смерти.