Общинные волнения 1989–90 гг. были гораздо серьёзнее. Распределение жилья, вопросы землевладения, водоснабжения и занятости в Средней Азии имели характер куда более взрывоопасный, чем где бы то ни было на территории СССР. В Ферганской долине молодые узбеки напали на турок-месхетинцев, депортированных туда в 1944 г. Сталиным. Месхетинцы считались искусными торговцами, и в последнее время их подозревали в завышении цен. После того как в Душанбе распространились слухи о том, что армянские беженцы получают жильё, которого долго ждали местные жители, толпы таджиков устроили погромы приезжих. В Киргизии, в городе Ош, этнические волнения начались после того, как нескольким киргизам были отданы для поселения участки земли, традиционно возделываемой узбеками. Во всех этих случаях негодование местных жителей по отношению к приезжим, занимавшим доминирующие позиции в обществе и совершенно равнодушным к местным жителям, усиливалось предчувствием нависшей над Средней Азией экологической катастрофы, нехваткой жилья, земель и рабочих мест. Ходили также слухи, что беспорядки специально провоцировались местным партийным начальством и мафией.
Вместе с тем подобные народным фронтам гражданские ассоциации развивались в Средней Азии медленнее, чем где бы то ни было. Это было следствием сельской по преимуществу, слабо урбанизированной социальной структурой региона, продолжавшей оставаться чрезвычайно архаичной. Самым влиятельным среди народных движений такого рода стал «Бирлик» («Единство»), созданный в Ташкенте в мае 1989 г. Его политическая программа была светской и либеральной, однако, под давлением рядовых членов организация стала проводить более популистскую и исламистскую политику, чем это было предусмотрено принятой программой. Но в перспективе самым мощным политическим движением Средней Азии могла стать Партия Исламского Возрождения, основанная в Астрахани в июне 1990 г. Она имела своих членов во всех регионах Советского Союза. Несмотря на фундаменталистский и вполне умеренный характер её политической программы, Партия Исламского Возрождения была запрещена в Средней Азии практически повсеместно.
В целом по мере того, как грядущий распад СССР становился все более очевидным, лидеры среднеазиатских республик попадали во все более затруднительное положение. Раньше они всегда могли рассчитывать на поддержку из Москвы — теперь такой поддержки почти не было. Но и движения, выступавшие за независимость, были слишком слабы и не могли выдвинуть альтернативных лидеров. Единственным исключением была Киргизия, где прежний коммунистический лидер был крайне непопулярен, и потому к власти смог прийти Аскар Акаев, президент Академии наук Киргизии. Высшие аппаратчики Средней Азии не хотели выходить из состава СССР. Но действия, которые они предприняли, чтобы избежать такого развития событий, нельзя признать удачными — они, так сказать, оседлали одновременно лебедя, рака и щуку, направление движения коих, как известно, сильно разнится. Используя для поддержки своей политики традиционную систему клиентелы, манипулирование местным национализмом, они умоляли специалистов славянского происхождения не покидать их республики. Заигрывая с Исламом, они в то же время не давали ему слишком усилиться.
В Белоруссии и на Украине близость местных народов к русскому наложила отпечаток на развитие национального движения. Русские рассматривали представителей обоих народов как своего рода почётных великороссов, которым по странному стечению обстоятельств случилось говорить на особом «диалекте». Эти три народа составляли славянское большинство населения СССР, насчитывающее почти три четверти от общей численности населения страны. Сами же по себе русские составляли едва лишь половину населения СССР. Соответственно, государство поощряло тихую русификацию, используя естественное желание родителей отправлять детей в русские школы, где они овладевали «имперским» языком.
В 1987 г. Союз писателей Украины начал кампанию против эрозии украинского языка. Вскоре были подняты и другие, не менее болезненные вопросы — защита окружающей среды (особенно злободневная после Чернобыльской катастрофы), преследования Униатской церкви, проблема «белых пятен» в украинской истории и культуре. Последнее относилось не только к жестокостям сталинского времени, но также и к российской политике по отношению к Украине вообще, на протяжении веков направленной на упразднение отличительных черт украинской культуры.