Программа азербайджанского Народного фронта была очень похожа на прибалтийские, однако в ней специально подчёркивалось, что суверенитет Азербайджана подразумевает также контроль над Нагорным Карабахом. Коммунистическое правительство подвергалось острой критике за неспособность его обеспечить. В сентябре 1989 г. Народный фронт призвал к всеобщей забастовке протеста, которая означала также экономическую блокаду Карабаха и Армении. В декабре некоторые наиболее радикальные члены Фронта пришли к власти в пограничном городе Ленкорань. После этого они сломали проволочные заграждения и захватили контрольно-пропускные пункты, чтобы устроить братание со своими соотечественниками по ту сторону иранской границы.
13 января 1990 г. в Баку состоялся хорошо подготовленный съезд Народного фронта. На нём очень острой критике подвергся первый секретарь республиканской партийной организации Везиров. Его критиковали за «раболепие перед Москвой» и требовали его отставки. Другим требованием съезда было проведение референдума по вопросу об отделении от СССР. После этого огромные толпы, среди которых было много азербайджанских беженцев из Армении, начали охоту за армянами, которые пока что оставались в Баку. Комментатор московского радио заметил по этому поводу, что, казалось, будто современный город вернулся в средневековье. Вначале Советская Армия не предпринимала никаких действий, но через несколько дней, когда погромы начали уже затихать, ввела военное положение, вошла в город и с невиданной жестокостью восстановила в нём порядок. По официальным данным, за эти дни в городе было убито по меньшей мере 150 человек.
Время, которое было выбрано для проведения этой акции, совершенно недвусмысленно позволяет утверждать, что её целью было не прекращение этнического конфликта, но стремление предотвратить приход к власти Народного фронта. Из всех попыток сохранить власть коммунистов, предпринятых в ходе перестройки, эта обошлась дороже всего. Новый коммунистический вождь Азербайджана Муталибов воспользовался военным положением для того, чтобы сковывать действия Народного фронта. Чтобы привлечь на свою сторону избирателей, он использовал старую систему патронажа. Тем временем в Карабахе каждая из враждующих сторон создала собственные вооружённые формирования, располагавшие весьма сложным оружием, — его в изобилии поставляла им деморализованная Советская Армия. По мере ослабления советской и российской власти карабахский конфликт начал принимать международный характер, угрожая распространиться не только на весь Кавказ, но и дальше, на Средний Восток.
У грузин не было одной всеобъемлющей проблемы, подобной Карабаху, — скорее, это было множество болезненных вопросов. Их волновало, что древние монастыри Грузии пребывают в запустении и используются не по назначению, что русский язык все больше вытесняет грузинский в правительственных органах, что растёт русская иммиграция в республику, что долине Арагви грозит разрушение из-за строительства Горно-Кавказской железной дороги, что нефтеперегонные заводы Баку загрязняют окружающую среду. Другим поводом для беспокойства был антигрузинский сепаратизм некоторых меньшинств в самой республике, прежде всего, абхазов. Коммунистическая партия не смогла предложить конструктивной программы разрешения ни одной из этих, проблем. Поэтому общественные симпатии устойчиво перемещались в сторону противоположного, непримиримого края политического спектра Грузии. Его занимало Общество Ильи Чавчавадзе (названного так в честь писателя XIX в., убитого, как теперь полагают, большевиками) и Национально-демократическая партия. Последняя заявила, что возрождение независимости Грузии исправит великую историческую несправедливость, и это то, за что «стоит жить, бороться и умереть».
В апреле 1989 г. Национально-демократическая партия организовала в Тбилиси массовые демонстрации, которые продолжались днём и ночью. В них приняли участие сотни тысяч человек. Несколько студентов объявили голодовку — и все требовали выхода из состава СССР. Демонстрации были мирными, но слишком уж «возмутительными» были их требования — и в город вошли в специальные части Министерства внутренних дел (ОМОН). В то же время на улицы выходило все больше и больше людей, чтобы защитить участников голодовки. Неизвестно, кто отдал приказ, но ранним утром 9 апреля войска Министерства обороны и МВД с помощью дубинок и заточенных сапёрных лопаток разогнали демонстрантов. Некоторые очевидцы рассказывали, что пьяные солдаты убивали женщин и девушек сапёрными лопатками. Власти сообщили о 19 погибших, но грузины утверждают, что убитых, гораздо больше; изувечено было больше двухсот человек. Впервые после событий в Новочеркасске советские власти с такой жестокостью обошлись со своим народом.