Крестьянская война, на которую Мюнцер поднял значительную часть населения германских земель, была им идеологически обоснована. Идеологическое обоснование крестьянской войны базировалось Мюнцером на его понимании Реформации прежде всего как социально-политического переворота. Этот переворот должны были, по Мюнцеру, произвести самые обездоленные слои населения - крестьяне и городская беднота. Поднявшись на эту войну, или революцию, крестьяне и городская беднота должны были в результате победы установить новый общественный строй без классовых различий, эксплуатации, частной собственности.
Мюнцер понимал слово Божие как откровение Бога в разуме человека. Бог для него не творец, стоящий над миром, а сам мир в его единстве, высшая идея интегрального, объединяющего отдельные части. Служение Богу по Мюнцеру это, прежде всего, активная деятельность человечества на общее благо. Народ, считал Мюнцер, является ревнителем дела Бога. «Богатые безбожники будут низвергнуты, униженные возвышены», - писал Мюнцера.
Крестьянской войне под руководством Мюнцера предшествовали многочисленные волнения в Германии, где революционная обстановка к 20-м годам чрезвычайно накалилась. Первыми выступили рыцари во главе с Францем фон Зиккенгеном. Это имя впоследствии станет достоянием немецкой культуры. Идеологом рыцарского выступления, как пролога Крестьянской войны, был знаменитый немецкий гуманист Ульрих фон Гуттен.
Крестьянская война началась в 1524 г. и закончилась в 1525 г. Развернулась она в юго-западных немецких землях, где было распространено реформационное религиозное учение Цвингли. Здесь же действовало радикальное крыло народной Реформации - анабаптисты. Война под руководством Мюнцера началась на верхнем Рейне, затем охватила регионы между верхним Рейном и верхним Дунаем. Первым требованием, которое выдвинули восставшие крестьяне, была отмена феодальных поборов. Но цели и задачи войны под руководством Мюнцера не сводилась только к этому положению.
Восстание все более расширялось и приобретало организованный характер. В конце 1524 - нач. 1525 г. появляется первая общереволюционная программа «Статейное письмо», открыто провозглашающее необходимость коренного социального и политического переворота и создания общества социальной справедливости. Однако эта программа не стала общей программой войны, т.е. всех сил, в ней задействованных. Ряд руководителей восстания не были столь революционно настроены и склонялись к переговорам с властями и с феодалами, т.е. готовы были занять компромиссные позиции, далекие от революционных. Это давало властям возможность договариваться с каждым отдельным руководителем войны и тем самым раскалывать ее единый фронт. Отсутствие единства в крестьянско-плебейском лагере с самого начала обрекало восставших на поражение.
Крестьянские восстания в регионах верхнего Рейна и верхнего Дуная можно рассматривать как пролог Великой Крестьянской войны, которая охватит постепенно большинство немецких земель: Верхнюю Швабию, Франконию, Тюрингию, Саксонию и др.
Та война, которая вошла в историю как Великая Крестьянская война под руководством Томаса Мюнцера, началось в феврале 1525 г. в Швабии, откуда она перебросилась в другие немецкие земли. С самого начала войны среди участников и руководителей ее не было единства. Руководители отдельных военных отрядов по-разному понимали «божественное право»: одни понимали его как установление полного социального равенства, другие - как ликвидацию крепостной зависимости. Весной 1525 г. создается в Швабии крестьянская организация «Христианское объединение». В Швабии действует и другое, враждебное ему объединение - бюргерский «Швабский союз».
Поскольку «Швабский союз» был гораздо сильнее «Христианского объединения», представители последнего решили пойти на переговоры со «Швабским союзом», подготовив для этого идейную платформу - знаменитые «Двенадцать статей». Эта программа была разработана цвинглианскими реформаторами. «Двенадцать статей», обоснованные Св. Писанием, подчеркивали мирный характер намерений и требований крестьян, но некоторые из них в глазах светских и духовных феодалов носили далеко не мирный характер. В этот документ были включены реформационные статьи: необходимость Реформы Церкви, обязательная выборность и сменяемость священников.
«Двенадцать статей» еще раз продемонстрировали тесную связь Крестьянской войны и движения Реформации. Наряду с реформационными требованиями в «Двенадцать статей» были включены и экономические требования, в первую очередь необходимость отмены крепостного права. Несмотря на свою умеренность, требования «Двенадцати статей» касались самых злободневных вопросов крестьянской жизни и стали общей программой восставшего немецкого крестьянства. Однако наиболее революционно настроенная часть крестьян не была удовлетворена этой программой и отказалась от нее, начав действовать и бороться за революционные преобразования в Германии в духе «Статейного письма», более революционной по характеру программы Крестьянской войны.