«Швабский союз» не смог уничтожить «Христианское объединение» в Швабии. В германских землях все более сгущалась грозовая атмосфера, назревала необходимость вооруженной борьбы, которую и начал «Швабский союз» весной 1525 г. Основные силы восставших крестьян в Швабии были разбиты. Тогда «Швабский союз» перенес свои действия в другие немецкие земли, где бушевала Крестьянская война - во Франконию. Здесь в это время действовали несколько повстанческих соединений, в руководство которых проникло зажиточное бюргерство со своей умеренной программой, умеренной тактикой и стратегией. Был создан сводный отряд восставших под руководством получившего печальную известность рыцаря Геца фон Берлихенгена, которому спустя века посвятит свою поэму Гете. После назначения Геца фон Берлихенгена руководителем сводного отряда он предал восставших крестьян. После этого революционно настроенные руководители были оттеснены умеренными бюргерами, использовавшими крестьянскую войну для реализации своей собственной, бюргерской программы.
Вместо общепринятой программы «Двенадцати статей» бюргерским руководством была подготовлена новая программа, получившая название Гейльброннской программы. Это был, в первую очередь, проект имперской реформы, направленной против немецких князей. Гейльброннская программа предлагала лишить князей их титулов, независимости и превратить немецкого князя в обыкновенное должностное лицо государства. Не отвергая сословных привилегий, программа вводила общее для всех «естественное и Божеское право» и обеспечивала политическое влияние бюргерства. Как и в «Двенадцати статьях», в этой программе на первом месте стояли реформационные требования: выборность пастырей, их ответственность перед паствой, лишение духовенства светской власти, закрытие монастырей, роспуск монашеских и духовно-рыцарских орденов, секуляризация церковной, прежде всего земельной, собственности. Гейльброннская программа намечала ряд буржуазных преобразований: введение во всех немецких землях единой монеты, отмену внутренних таможень, ограничение торгово-ростовщического капитала и др. Эта бюргерская программа была направлена на создание единого немецкого государства.
После того, как на территорию Южной Франконии вторглись войска «Швабского союза», Франкония становится вторым, после Швабии, театром военных действий. Как и в Швабии, здесь вновь предает восставших Гец фон Берлихинген, а также некоторые другие руководители войны. Предает восставших и патрициат. Восставшие терпят поражение, за которым следует жестокая расправа. Летом 1525 г. восстание во Франконии было подавлено. После того, как очаг военных действий был погашен во Франконии, он снова разгорается в Швабии. Тем же летом 1525 г. война заканчивается.
Весной, до того, как война под руководством Томаса Мюнцера была окончательно проиграна, Мюнцер планировал сделать главным регионом Крестьянской войны Северную Франконию и Тюринго-Саксонские районы. Здесь война проходила организованно, военными действиями руководил сам Мюнцер. Но осуществить свои замыслы ему не удалось. Против него выступили средне-германские князья, и основным театром военных действий снова стала Швабия. Во время нового периода войны Мюнцер был тяжело ранен, захвачен в плен и после жестоких пыток казнен.
После гибели Мюнцера военные действия еще продолжались в глухих местах Священной Римской империи - в альпийских владениях Габсбургов крестьянские выступления были довольно значительными. В Тироле вспыхнуло крестьянское восстание, которое возглавил сподвижник Мюнцера, один из выдающихся руководителей Крестьянской войны Михаил Гайсмайер, вместе со своими соратниками мечтавший создать в Тироле народную республику. Первое время Михаил Гайсмайер вел удачные войны с постоянно действующим «Швабским союзом». Но «Швабский союз» был сильнее, и несмотря на свои удачи Гайсмайер был вынужден отступить в Венецианскую область, где начал готовиться к новому наступлению, которое, однако, не удалось осуществить - в 1530-х гг. Гайсмайер погибает от руки убийцы, подосланного Габсбургами.
Летом 1525 г. Великая Крестьянская война под руководством Томаса Мюнцера заканчивается поражением. Причины ее поражения типичны для любой крестьянской войны: отсутствие союзников, разобщенность в действиях, локальность, отсутствие единого центра и т.п. Потеря выдающихся руководителей Томаса Мюнцера и Михаила Гайсмайера сыграла существенную роль в общем поражении этой изначально обреченной войны.
В начале XV в. в Чехии развернулось широкое оппозиционное движение против католической церкви и прежде всего немецкого засилья. Чехия входила в состав Священной Римской империи, была ее окраиной, и хозяйничали здесь немцы. Во главе чешского оппозиционного движения становится профессор, ректор Пражского университета Ян Гус (1371-1415).