«Я хочу продвигаться вперед настолько быстро, насколько это возможно, чтобы избежать тяжелых боев. Эти ужасные сражения хороши для тех, кто читает о них в книгах и никогда не испытывал горечи от потери своих друзей. Но что касается меня, то я решительно за то, чтобы максимально уменьшить потери. И этого можно достичь, продвигаясь вперед».
Вместе с Борегаром Джонстон внезапно атакует 6 апреля авангард Гранта у Питтсбург-Лэндинга
в 32 км к северу. Хотя Джонстона убивают в жестокой схватке с генералом Ульямом Текумсе Шерманом, Борегар докладывает, что он «одержал полную победу* в первый же день сражения вблизи города Шайло. Тем не менее Грант, получив ночью подкрепление, проводит такую же неожиданную контратаку на следующее утро. В результате конфедераты вынуждены отступить, обеспечив тем самым победу США. Общие потери составили примерно 24 000 человек и превзошли совокупное число всех погибших американцев во время Войны за независимость, Войны 1812 г. и Мексиканской войны.В последующие недели силы США захватывают форты конфедератов на реке Миссисипи и занимают Мемфис
с Коринтом. Тем временем Новый Орлеан, оставленный без надлежащей защиты, подвергается артиллерийскому обстрелу кораблей под командованием Дэвида Г. Фаррагута, и 1 мая в город входит генерал Бенджамин Батлер во главе 15-тысячной армии. Флот Фаррагута продвигается вверх по реке и захватывает города Батон-Руж и Натчез, но крепость конфедератов Виксберг остается неприступной еще в течение целого года.Кампания на Полуострове заканчивается с открытым конфликтом Макклелана и разгневанного президента Линкольна, который приказывает ему отойти к реке Потомак в самом начале июля и назначает Халлека главнокомандующим всех войск США. Прежде чем Макклеллан смог вернуться для защиты Вашингтона, Ли и Джексон продвинулись на север. Джексон наносит поражение генералу Натаниелю Бэнксу у Сидар-Маунтин 9
августа, а затем вместе с Ли выбивает генерала Джона Поупа с поля боя во втором сражении на реке Булл-Ран 29 и 30 августа. Стороны поменялись местами: на этот раз конфедераты стоят всего в 32 км от Вашингтона. Ли переправляется через реку Потомак 4 сентября и вторгается на территорию Севера, но получает менее радушный прием, чем он рассчитывал, в Мэриленде. После того как он разделил и без того уже маленькую армию, чтобы защитить пути, по которым идет снабжение его армии, беспечный офицер теряет планы предстоящей кампании. Найденные рядовым-северянином, они дают Макклеллану прекрасную возможность уничтожить армию Ли по частям. Но и на сей раз медлительность Макклеллана позволяет Ли перегруппироваться перед самым кровавым днем гражданской войны — 17 сентября, днем битвы при Антиетаме, когда было убито 22 000 солдат — и после в безопасности переправить остатки армии через Потомак.Линкольн был «взбешен тем, что Макклеллан не сумел как одержать решающую победу при Антиетаме,
так и догнать Ли в Вирджинии. Его гнев выразился в письме, состоявшем всего лишь из одного предложения: «Если Вы не желаете использовать свою армию, я хотел бы взять ее у Вас взаймы на время». В ноябре он увольняет Макклеллана, и на его место приходит генерал Эмброуз Бернсайд. Впрочем, вместе с победой войск США у Перривилла в Кентукки 8 октября Антиетама было достаточно, чтобы осенью помешать выборам демократической Палаты представителей, которая могла бы приступить к переговорам о мире и убедить европейские державы не признавать Конфедерацию.