Эти два человека образовали команду в 1862 г. Ли возглавил армию Северной Вирджинии в июне того года, вскоре после наиболее выдающегося подвига Джексона, кампании Шенандоа,
в ходе которой его 17-тысячная армия одержала победу над 45-тысячной армией США. В следующий год Джексон служил главной тактической силой в наступательно-оборонительной стратегии генерала Ли, всегда стараясь максимально «озадачить, запутать и удивить врага». Затем Джексон был ранен своими же солдатами, когда возвращался с ночной разведки, вскоре после своего триумфа в Ченселлорсвилле 2 мая 1863 г. После того как «Каменной стене» ампутировали руку, Ли заметил, что хотя Джексон потерял свою левую руку, он сам потерял правую. Джексон заболел пневмонией и умер восемь дней спустя.1863 г.
1 января вступила в силу Прокламация об освобождении. Джефферсон Дэвис назвал ее «самой отвратительной мерой, когда-либо записанной в истории виновного человека», а Клемент Валландигэм, самый выдающийся из «медянок» (демократов Севера, выступавших против войны) и кандидат на пост губернатора штата Огайо, говорил, что война ведется «за освобождение чернокожих и порабощение белых людей». Его арестовывают и депортируют в Конфедерацию.3 марта Конгресс принимает Закон о призыве,
объявляющий воинскую повинность мужчин в возрасте от 20 до 45 лет. Добровольцам по закону выплачивалось денежное вознаграждение в 300 долл. Этот закон вызвал волну недовольства и сопротивления. Первый набор в Нью-Йорке 11 июля становится причиной наихудшего бунта в истории Америки, в котором погибли 120 человек. Неуправляемая толпа, в основном состоящая из ирландцев, в ярости нападает на темнокожее население. На Юге также вспыхивают волнения: голодающие женщины поднимают «хлебные бунты» от Мобила до Ричмонда.25 января Линкольн заменяет Бернсайда генералом Джозефом Хукером, чье имя входит в обиходный язык в связи с проститутками, часто посещавшими его штаб. После нескольких месяцев реорганизации он вовлекает Ли в открытое сражение у Ченселлорсвилля в
штате Вирджиния, но теряет терпение, делает ошибки и позволяет Ли провести ряд искусных маневров с 1 по 4 мая. Но победа Ли достается дорогой ценой, поскольку был случайно ранен своими же солдатами отважный командир, правая рука Ли, — «Каменная стена» Джексон, возвращавшийся из разведки.Ли решает перенести поле сражения за пределы Вирджинии и снова вторгается на Север через долину Шенандоа. Когда его передовой отряд достигает Геттисберга в южной части Пенсильвании 1 июля, то он сталкивается с авангардом Потомакской армии, которой теперь командует генерал Джордж Мид вместо смещенного Хукера. Генералы и войска сошлись в месте, где последующие три дня происходило, вероятно, самое долгое и решающее сражение за всю гражданскую войну. Первоначальный успех армии конфедератов вынудил войска США занять оборонительные позиции, с которых, несмотря на все более отчаянные атаки, южанам их выбить так и не удалось. Кульминацией наступлений войск Конфедерации была роковая атака Пикетта.
Победа при Геттисберге стала огромным успехом войск США.Тем временем, продвигаясь вдоль реки Миссисипи, Грант выигрывает, вероятно, самую блестящую с тактической точки зрения кампанию в этой войне. В апреле он проводит флот мимо орудий Виксберга, а войска — на юг через Луизиану. Затем 23 000 человек погружаются на корабли и сплавляются по реке в Миссисипи. С воды они захватывают и разрушают Джэксон,
а также осаждают Виксберг. Командующий войсками в Виксберге Джон Пембертон считает город «наиболее важным стратегическим пунктом Конфедерации». В конце концов, он сдается 4 июля, одновременно новости о Геттисберге достигают Вашингтона. Конфедерация оказывается разделенной надвое войсками США, контролирующими реку Миссисипи на всем ее протяжении. Линкольн торжествует: «Отец вод снова беспрепятственно впадает в море», а также заявляет: «Грант — мой человек, а я — его до конца войны».«Я слышал недавно от Вас, что и армия и правительство нуждаются в диктаторе. Конечно, не поэтому, а напротив, несмотря на это, я предложил вам командование… Сейчас я прошу Вас о военном успехе и не боюсь диктатуры».