В декабре 1933 года решением Московской областной комиссии по чистке партии из ее рядов был исключен и соратник Шляпникова по “рабочей оппозиции” 1920 - 1922 годов Медведев с формулировкой: “как буржуазный перерожденец, не разделяющий программы и линии партии, политически и организационно порвавший с партией”. Его отправили в ссылку в Карельскую АССР, где он работал в мастерских Беломорско-Балтий-ского канала.
Сразу после убийства Кирова 1 декабря 1934 года Шляпников, Медведев и ряд других бывших участников “рабочей оппозиции” были арестованы органами НКВД. Уже сам состав привлеченных к ответственности лиц, среди которых вместе с бывшими известными лидерами “рабочей оппозиции” были люди, не игравшие сколько-нибудь существенной роли в жизни партии, говорил о надуманности затеваемого дела.
При аресте Шляпникова и Медведева в январе 1935 года у них были изъяты материалы так называемой “московской контрреволюционной организации” - группы “рабочей оппозиции” и других оппозиционных групп 20-х годов, партийные и служебные документы различных ведомств и организаций, где работали в разное время Шляпников и Медведев.
Большинство арестованных по данному делу отрицало свое участие в какой-либо контрреволюционной деятельности и сам факт существования в 30-х годах организованной московской группы “рабочей оппозиции”.
Но это не принималось во внимание.
Шляпников обвинялся в том, что до 1935 года проводил подпольную антисоветскую работу, создал в городах Москве, Омске и Ростове контрреволюционные группы “рабочей оппозиции” и руководил ими, а также в том, что устраивал на своей квартире собрания московской группы “рабочей оппозиции”, на которых критиковались мероприятия партии и Советского правительства и вырабатывались контрреволюционные установки, распространявшиеся затем среди единомышленников в других городах.
На первом после ареста 3 января 1935 года и последующих допросах Шляпников отвергал обвинения в проведении какой-либо контрреволюционной работы на протяжении трех предшествующих аресту лет, отрицал правдивость предъявленных ему “обличительных” показаний Каменева, Сафарова, Вардина-Мгеладзе, Сергиевского и Михайлова, а также свое участие в создании и руководстве “контрреволюционными” организациями “рабочей оппозиции” в Москве, Омске и Ростове.
“Впервые слышу, - говорил Шляпников следователю, - о существовании подобного рода нелегальных групп”.
16 января 1935 года А. Г. Шляпников обратился с письменным заявлением на имя прокурора СССР Акулова и наркома внутренних дел СССР Ягоды. В этом документе, в частности, говорилось:
“Следствие предъявило мне ряд весьма серьезных обвинений, но до сих пор я не имею возможности подробно дать свои объяснения по существу каждого из них. Мои ответы в протоколы допроса заносятся лишь в краткой форме отрицания или подтверждения. Мои просьбы позволить мне самому писать ответы по существу задававшихся следователем вопросов отклоняются…
Несмотря на мое исключение, я все же продолжал состоять на учете в ЦК ВКП(б) и там решать все вопросы своих занятий. Будучи возвращен из ссылки в апреле 1934 года, я явился в ЦК, где вел беседы с т. Ежовым, от него получал указания о дальнейшем…
По возвращении из ссылки у меня произошло ухудшение в состоянии здоровья: я страдаю от последней контузии, и в настоящее время было воспаление слухового нерва…
В июле я подал в СНК прошение о пенсии. В октябре Н.И. Ежов сообщил мне, что вопрос о предоставлении мне пенсии решен положительно, и поручил своему секретарю помочь мне в продвижении оформления этого дела…
Самое существенное обвинение, предъявленное мне, заключается в ведении нелегальной контрреволюционной работы.
Все это обвинение покоится на предположениях и чудовищно ложных данных агентуры. Никакой подпольной работы против партии и правительства я не вел, никаких платформ не писал, никаких директив никому не давал.
Обвинение считает, что я “вел работу” на “старой платформе” 1920 - 21 годов, не видя всей смехоты в подобной постановке…
Данного партии слова в 1926, 1929, 1932 годах я не изменял. Организационной же работы никогда не вел и публично высказывался против нее…”
Далее Шляпников описал свои встречи с Каменевым, Зиновьевым, Федоровым, Евдокимовым, Куклиным и при этом отметил:
“Все эти товарищи были мне более близкими знакомыми, чем Сафаров, но и они никогда не ставили передо мною вопросов нелегальной работы. И я сам был уверен, что они ее не ведут, как не вел ее и я сам… В июне 1933 года меня чистили и исключили из партии как “двурушника”. Никаких оснований для этого, по моим понятиям и поведению, не было, и я терялся в догадках, в поисках подлинных мотивов моего исключения. За время с 1929 года я шел все время по пути примирения.
Политика партии в области развития народного хозяйства, построение социалистической базы не только в городах, но и на селе (коллективизация, укрепление совхозов) покрывали полностью все наши прошлые чаяния, все мои в этом деле ожидания.