Казаки вскоре поняли, что выиграют очень немного, если поменяют вассальную зависимость. Сначала им сказали, чтобы они не ждали, что царь будет давать клятву своим подданным, так что окончательный договор, подписанный 18 января 1654 г., был не двухсторонним договором, а договором о подчинении Украины русскому царю. Более того, текст договора был сформулирован таким образом, что его можно было истолковывать по-разному в основных пунктах, касавшихся самоуправления. Будучи далеким от создания независимого Украинского государства, Переяславский договор просто определял условия автономии на территории, которая попадет под власть России, и лишь казацкого сообщества без всякой – и это правда – дискриминации между реестровыми казаками и остальными. Разумеется, за Хмельницким сохранялась его должность гетмана, как называли казацких предводителей, но выборы его преемников потребовали бы утверждения их кандидатур царем, который также контролировал бы отношения казаков с другими странами, особенно Польшей и Турцией.
С другой стороны, решение, принятое в 1654 г., было выдающимся успехом для Москвы, которая впервые распространила свое влияние на территории, которые московиты называли Малороссией и которые теперь должны были навсегда объединиться с Великороссией, то есть собственно Россией в современном смысле этого слова. Так как никакие территориальные границы не были определены, оставался нерешенным вопрос, насколько большие территории Древней Руси (или Рутении) попадут под власть России. Однако одно было очевидно: знаменитый город Киев, превратившийся в значимый интеллектуальный центр и традиционно считавшийся матерью городов русских, с того момента оказывался под владычеством Москвы, усиливая тем самым авторитет новой России.
Также было ясно, что окончательное решение проблемы, глубоко влияющее на равновесие сил в Европе, будет зависеть от исхода войны России с Польшей, которая началась осенью того же года не только на Украине, где царские войска теперь поддерживали казаки, но и на белорусских приграничных землях Великого княжества Литовского, где Россия хотела в первую очередь отвоевать Смоленск. Когда эта крепость после долгой осады капитулировала в 1654 г., русские вторглись в саму Литву и 8 августа оккупировали и сильно разграбили Вильно.
Когда это произошло, на территорию содружества уже вторгся другой враг – шведы, и проблема казаков, которые установили отношения с королем Швеции и побуждали его начать войну с Польшей, теперь стала частью общего кризиса в Центрально-Восточной Европе, спровоцированного восстанием Хмельницкого, который превратился в конфликт между многими странами, воюющими друг с другом и меняющими союзников при всяком удобном случае. Так же поступали и сами казаки, теряя надежду на полную независимость при виде того, как Москва постепенно уничтожает их автономию.
Когда в 1657 г. Богдан Хмельницкий умер после тщетных попыток укрепить свое положение путем заключения союзов со Швецией и Трансильванией, новый гетман Иван Выговский, кандидат от партии, выступавшей за заключение соглашения с Польшей, начал тайные переговоры с королем Яном II Казимиром, порвал отношения с царем и 16 сентября 1658 г. заключил Гадячскую унию с представителями Польши. Это было нечто большее, чем еще один договор о признании автономии казаков – на этот раз Польшей. Двойственная структура польско-литовского содружества была изменена: рядом с королевством Польша и Великим княжеством Литовским было поставлено «княжество Рутения» на основе полного равенства. Казацкий гетман стал одновременно первым сенатором нового княжества Киевского, оставаясь при этом главнокомандующим казацкой армией численностью в мирное время 30 тысяч человек; казаки должны были постепенно входить в знатное сословие. В то время как православные получили в княжестве особые права, включая допуск их иерархов в сенат содружества, любое развитие униатской церкви на его территории было запрещено. Эта территория включала, однако, не все земли Рутении, а лишь три пограничные провинции, называемые украинскими и связанные с казацкими традициями.