Гражданские административные органы в существенной степени представляли собой фискальную администрацию. Основными ее функциями были сбор, учет, распределение и перераспределение всех форм фискальных ресурсов, необходимых для нужд государства. Судебная деятельность осуществлялась властями различного уровня, правосудие вершилось в тех же инстанциях, что и сбор налогов. Величина собранного налога могла меняться от года к году в зависимости от внутреннего и международного положения Византии. К эпохе Константина I государственные финансы управлялись тремя ведомствами: преторианскими префектами, «священной казной» (sacrae largitiones, буквально — «священные щедроты») и «частным фиском» (res privata, буквально — «частное дело»). Наиболее важную роль играли преторианские префекты. На их канцелярии был возложен сбор, учет и распределение земельных налогов. Каждая префектура соответствовала определенной территории, хотя было проведено несколько реорганизаций. В начале правления Константина существовали три обширные префектуры: Восток (от Мезии и Фракии на Балканах до Верхней Ливии в Африке), Иллирик, Италия и Африка; Галлия, включавшая в себя Британию и Тингитанию в Северной Африке. В 440-х гг. они были преобразованы в четыре префектуры: Галлия, Италия с частью Иллирика, Северная Африка и Восток. Префектуры Галлии, Италии и большей части Северной Африки были утрачены империей в середине и в конце V в., остались только префектуры Восток и Иллирик, однако после войн Юстиниана префектуры Италия и Африка были воссозданы. Каждая префектура делилась на диоцезы (римская форма этого термина — dioecesae), находившиеся под руководством заместителей (vicarius) префекта. Диоцезы, в свою очередь, подразделялись на провинции во главе с губернаторами. Последней административной единицей была «община» (civitas или polis), делившаяся на округа (territorium), в рамках которых и совершался учет и сбор налогов. Налоги взимались в самой разнообразной форме, однако самым важным являлся регулярный земельный налог. Его обычно взимали в денежной форме, однако после финансового кризиса III в. и в результате реформ Диоклетиана и Константина налог в значительной мере стали также взимать натурой — зерном, продовольствием или иными продуктами, которые поступали на многочисленные государственные склады, откуда их могли забирать военные и чиновники, которые часть своего жалования получали в форме пайков (annonae). После финансовой стабилизации в IV–V вв. натуральная форма налога была в принципе заменена денежной, — если производители могли получать деньги за свой товар, — однако правительство всегда готово было принимать налоги и натурой, особенно когда того требовала военная необходимость. Префектуры на уровне диоцезов и в первую очередь провинциальных властей также отвечали за работу почты, государственных оружейных мастерских, а также за общественные работы. Последние — обслуживание мостов, дорог, зернохранилищ, предоставление рабочих рук и квалифицированных специалистов для особых работ — осуществлялись путем обложения всего населения или особых его групп, в зависимости от характера деятельности.
Другие финансовые ведомства, «священная казна» и «частный фиск», возникшие из дворцовых служб раннего Рима, имели более ограниченные функции. Отделения сакральной казны ведали золотыми и серебряными рудниками, чеканкой монеты, государственными швейными мастерскими и «воинскими дарами» — регулярной или осуществлявшейся по особым оказиям выдаче войскам денежных сумм по определенным поводам — дням рождения и восшествия на трон императоров и т. д. Священная казна располагала своими отделениями в каждом диоцезе и представителями в городах и провинциях, которые ведали сборами с гражданских земель, которыми она управляла с середины V в., и прочими доходами, такими как сборы на снабжение войск лошадьми и на другие материальные нужды армии. Частный фиск, res private, находившийся под управлением комеса (comes), ведал налогами с имперских земель, каким бы ни было их происхождение (полученные путем конфискации, наследования, дарения, или выморочные). Департамент comes sacrarum largitionum имел сложный облик, каждое отделение его отвечало за собственный тип владений и доходов. В VI столетии он, кроме того, стал ведать государственными доходами и той частью их, что шла на содержание императорского двора, для чего было создано новое управление — патримониум (patrionium).