В дальнейшем структура обеих ведомств подверглась новым изменениям. В особом фиске создано было пять независимых отделов, включая исходный
Роль сакеллариев — главноуправляющих имперской экономикой и финансами — оттеняет произошедшие в ту пору изменения. Возросшая роль этих близких к императору и его двору сановников свидетельствует о том, что в это время происходил процесс централизации, в котором императоры играли более чем активную роль, отражавший кризисную для империи политическую и финансовую ситуацию, существовавшую в 640-х гг. и позднее. Новая система управления окончательно складывается к середине VIII столетия. Логофет имперского казначейства (genikon logothesion) отвечал за сбор поземельного налога и связанных с ним податей, начальник воинского казначейства (stratiotikon logothesion) — сбором податей на нужды комплектования армии и военного налога; особое управление идикон (idikon) занимался снабжением армии вооружениями, императорскими мастерскими и всеми вопросами, связанными с производством вооружений. Различные отделы, прежде входившие в «частный фиск», обрели самостоятельность; ведомством государственной почты, прежде управлявшимся magister officiorum, теперь руководил особый логофет. Прочие отделы, первоначально являвшиеся частью императорского двора, например священная опочивальня, превратились в самостоятельные казначейства и палаты, отвечавшие за различные области хозяйственной деятельности, в то время как собственно опочивальня, или koitфn, обзавелась собственной сокровищницей, обслуживавшей домашние расходы.
Трудности, с которыми сталкивалось правительство во второй половине VII в., можно понять на примере временного изменения роли чиновников, именовавшихся коммеркиариями (kommerkiarrioi), прежних comites commerciorum. Прежде подчинявшиеся «сакральной казне», они в середине VI в. перешли в распоряжение префектов претория, и до начала VII в. их основная роль состояла в контроле за производством и продажей шелка, являвшимися государственной монополией. Позднее они становятся ответственными за военное интендантство и за сбор натуральных налогов. Таким образом, kommerkiarrioi и связанные с ними склады представляют собой учреждение, прежде ведавшее государственным производством и продажей предметов роскоши, но в результате административного кризиса середины VII в. сделавшегося ответственным за важнейшее дело снабжения армии, по всей видимости, залатав тем самым брешь, с которой, видимо, не смогли справиться префектуры. Такая структура сохранялась вплоть до административных реформ Льва III (717–141).
Примерно с 730–731 гт. роль отдельных kommerkiarrioi начинает постепенно урезаться. Вместо высокопоставленных, наделенных широкими полномочиями коммеркиариев, связанных со складами (apothkkai), появляются имперские коммеркии (kommerkia), исполняющие родственные, но более ограниченные обязанности по крайней мере до 830-х гг.; сами же kommerkiarrioi действуют теперь вместе с провинциальными военными властями в районе портовых центров, превратившись в своего рода таможни, контролирующие внешнюю торговлю империи. Свидетельством дальнейшей эволюции византийской фискальной системы стало появление в провинциях и военных округах-фемах фискальных чиновников-диокетов (dioiketai), собиравших налоги, которые учитывали и проверяли эпопты (epoptai) и экзисоты (exisotai); все они находились в подчинении логофета геникон. Координацией сбора гражданских и военных податей и фискальной деятельностью в фемах занимались особые чиновники — протонотарии (protonotarios), появившиеся в 820-х гг. и несшие ответственность перед центральным финансовым департаментом — сакелл ионом (sakellion).