Вместе с тем в «Вопросах современной стратегии» Тухачевский, по-прежнему веря, что Красной Армии в будущей войне придется главным образом наступать, а не обороняться, высказывал весьма здравые мысли. «Надо иметь в виду, — предупреждал он, — что в современных условиях ведения войны очень часто одной операцией достигнуть уничтожения врага не удается. Противник зачастую ускользает из-под удара. Поэтому приходится вести операции одну за другой, с тем чтобы доконать противника хотя бы у последней черты его сопротивления. А эта черта находится там, где начинаются районы, питающие войну». Отсюда следовал вывод: «Мы должны считаться с тем, что нам предстоят тяжелые, длительные войны…» Данный прогноз полностью подтвердился в ходе Второй мировой войны, когда сопротивление вермахта прекратилось лишь после оккупации войсками союзников почти всей территории Германии, включая столицу. И еще один вывод Туха-невского вполне актуален и сегодня: «…Искусство уничтожения вооруженных сил врага является основным условием экономного и успешного ведения войны, и в этом искусстве, как и во всем искусстве стратегии, мы должны постоянно совершенствоваться». А в статье 1927 года «Задачи общевойсковой подготовки» начальник Штаба РККА сформулировал: «…Основной тактический принцип — это действовать сообразно обстановке». Он был сторонником того, чтобы командирам была предоставлена необходимая самостоятельность как на учениях, так и в реальных боевых условиях.
На должности начальника Штаба РККА Тухачевский пробыл до мая 1928 года. Причиной его ухода с этого поста послужили постоянные конфликты с Ворошиловым. Например, 5 апреля 1928 года Тухачевский писал наркому: «…Считаю необходимым доложить два основных момента, делающих работу Штаба РККА совершенно ненормальной… Прежде всего и в текущей и в плановой работе создается такое положение, что зачастую может казаться, будто Вы, как нарком, работаете сами по себе, а Штаб РККА сам по себе, что совершенно противоестественно, так как по существу Штаб должен быть рабочим аппаратом в Ваших руках по объединению всех сторон и работ по подготовке войны. Если он таким аппаратом не является, то, значит, дело не в порядке». Через несколько дней, 16 апреля, Ворошилову поступило другое письмо, а точнее говоря, донос на Тухачевского за подписями Буденного, Егорова и Дыбенко, где начальник Штаба Красной Армии обвинялся в том, что якобы самоустранился от руководства работой Штаба и не соответствует занимаемой должности. В конце концов Михаил Николаевич осознал, что все его инициативы по перевооружению войск и реорганизации органов военного управления блокируются наркомом, и подал рапорт об освобождении от должности. Его назначили командующим Ленинградского военного округа.
В Ленинграде Тухачевский не успокоился и продолжал строить широкомасштабные планы преобразований. 11 января 1930 года он представил наркому Ворошилову доклад о реорганизации Красной Армии, где доказывал: «Успехи нашего социалистического строительства… ставят перед нами во весь рост задачу реконструкции Вооруженных Сил на основе учета всех новейших факторов техники и возможности массового военно-технического производства, а также сдвигов, происшедших в деревне (так деликатно именовал Михаил Николаевич насильственную коллективизацию крестьянства, повлекшую массовый голод. —
Ворошилов передал письмо Сталину 5 марта 1930 года со следующим комментарием: «…Направляю для ознакомления копию письма Тухачевского (именно так, даже без сакраментального «товарищ», обязательного в официальных документах при упоминании членов партии; одно это достаточно говорит об отношении наркома к Тухачевскому. —