Стремительной карьере Егорова в годы Гражданской войны и позднее в огромной степени способствовало то обстоятельство, что ему довелось сражаться вместе со Сталиным и Ворошиловым против Краснова, Деникина и поляков. Их боевое содружество началось под Царицыном, где Егоров из разрозненных партизанских отрядов формировал 9-ю армию. Потом он командовал 10-й армией, нанесшей в январе 19-го поражение казакам на подступах к «красному Вердену». Весной и летом 19-го сражаться пришлось уже с пришедшей на помощь Краснову Кавказской Добровольческой армией генерала П.Н. Врангеля, которой 30 июня 1919 года удалось захватить Царицын. Егоров в это время был в госпитале. 31 июля за майский бой на реке Сал его наградили орденом Красного Знамени. В приказе Реввоенсовета Республики о награждении, в частности, говорилось: «Противник, поставив целью прорвать фронт 10-й армии у Плетнева, стремился все время, обходя фланги, разъединить силы армии на две части, чтобы захватить Котельниково, покончить с каждой частью отдельно. Товарищ Егоров, твердо решив не дать противнику выполнить этот план и тем самым спасти оставшиеся части, лично принял командование над частями 4-й и 6-й кавалерийских дивизий и бросился с ними в атаку на неприятеля. Несмотря на отчаянное сопротивление врага, особенно его пехотных частей, товарищ Егоров стремительным натиском смял его и отбросил его на южный берег реки Сал. В результате этой лихой атаки вся неприятельская пехота, находившаяся на северном берегу, около 2–3 полков, осталась в наших руках и была частью взята в плен, а частью изрублена. В наших руках остались богатые трофеи в виде орудий и пулеметов. Товарищ Егоров в одной из атак был ранен, но, невзирая на довольно тяжелое сквозное пулевое ранение надключичной области с значительным кровоизлиянием, не оставил поля сражения, пока не прибыл вызванный им заместитель».
9 июля 1919 года Александр Ильич ненадолго был назначен помощником командующего и членом РВС Южного фронта с одновременным вступлением в командование 14-й армии. Эта армия с боями оставила Киев, а потом обороняла Брянск. В Брянске будущий маршал познакомился со своей второй женой — выпускницей местной гимназии Галиной Антоновной Цеш-ковской. 27 сентября из Южного фронта был выделен Юго-Восточный фронт, а новым Южным фронтом стал командовать Егоров. Войска Деникина во исполнение директивы, отданной еще 3 июля 1919 года, продолжали двигаться на Москву.
С именем Егорова обычно ассоциируется план разгрома белых армий на Юге. Известный военный историк Н.Е. Какурин в 1926 году писал по поводу вступления Егорова в должность командъюжа, что с его именем «связаны решительные успехи Южного фронта». Позднее, с 1929 года, после празднования 50-летнего сталинского юбилея и появления статьи Ворошилова «Сталин и Красная Армия», все успехи в борьбе с Красновым и Деникиным стали связывать с именем Сталина. Сам Егоров в 1937 году в статье «Героическая эпопея», появившейся в «Правде» 2 января 1937 года, подобострастно утверждал: «В 17-ю годовщину борьбы за Царицын я не могу хотя бы вкратце не вспомнить одного из классических уроков военного искусства, который был дан нам с командной высоты царицынских полей великим стратегом классовых битв товарищем Сталиным. Боевые операции, проведенные товарищем Сталиным, неизгладимым уроком стоят в нашем сознании как образцы классического военного искусства эпохи Гражданской войны. Ему, товарищу Сталину, мы обязаны тем, что на царицынских полях кадры Красной Армии, и в первую очередь славные кадры 10-й и Первой Конной армии, получили наглядные, классические образцы методов ведения войны». Полковник старой армии готов был учиться военному искусству