Узнав о движении Ахилла к Александрии, Цезарь заключил под стражу молодого Птолемея и Потина и привел занятую им, Цезарем, часть Александрии в оборонительное положение. Ахилл, вступив в Александрию, пытался взять занятую Цезарем часть города открытою силой, но был отражен и тесно обложил в ней Цезаря с сухого пути. Чтобы отрезать его также и от моря и захватить в новой и старой гаванях находившиеся в них 72 египетские судна, а в новой – и суда Цезаря, египетский флот из 70 больших судов направился в ту и другую гавани. Если бы он успел в этом, то Цезарь был бы отрезан от моря и совершенно обложен в Александрии. Но, к счастью для Цезаря, он успел, хотя и с большим трудом, отразить египетский флот и даже сжег все египетские суда в обеих гаванях. А дабы впредь лишить египтян возможности проникать в новую гавань, он занял гарнизоном башню с маяком на островке, лежавшем перед входом в эту гавань и соединенном с городом плотиной. Таким образом он обеспечил свои сообщения с морем и послал в ближайшие приморские места за продовольствием. Со стороны города же он принял все возможные меры для прикрытия и усиления себя укреплениями и для добывания продовольствия и фуража. Владея царским дворцом и, в связи с ним, театром и цирком, он сильно укрепил их и занял войсками, занял также и частью разрушил все дома, отделявшие его от средних городских ворот, открыл свободное сообщение с озером Мареотисом и добывал из него пресную воду, а из окрестностей его продовольствие и фураж. Он принял также меры для скорейшего сбора к нему в Александрию наибольшего числа войск и судов. С этой целью он послал преданного ему Митридата Пергамского в Малую Азию для сбора в ней войск и приведения их сухим путем чрез Сирию в Египет. С о. Родос и из Сирии и Киликии он приказал прислать себе морские суда, а с о. Крит – стрелков. От Малха, царя одного из племен Аравии, он потребовал конницы, а от подвластных ему городов – военных орудий и машин, продовольствия и вооруженных людей. От главного же врага своего, Потина, он избавился тем, что, открыв, как говорит, тайную переписку его с Ахиллом, приказал казнить его.
Египтяне, с своей стороны, также деятельно укреплялись и заградили все входы и проходы в город, со стороны Цезаря, высокими и толстыми стенами с зубцами и с высокими, до 10 ярусов, башнями. Главные деятели их гласно заявляли, что эта война представляла удобнейший случай избавиться от римского владычества и что если в это время не будут употреблены все возможные средства для того, то Египет неизбежно будет обращен в римскую провинцию.
Вскоре младшая сестра Клеопатры и Птолемея, Арсиноя, успела бежать из царского дворца, занятого Цезарем, в город, приказала умертвить Ахилла и передала начальствование египетскою армией евнуху своему Ганимеду. Первым предприятием его было то, чтобы отрезать Цезарю пресную воду, которою занятая им часть города снабжалась извне посредством подземных труб, и испортить воду в колодцах этой части города, смешением ее с морскою водою. Это повело к большим и трудным работам, но не достигло цели, потому что Цезарь успел добывать пресную воду, из некоторых родников и из вырытых колодцев на берегу моря.
Прибытие к Цезарю 37-го легиона; действия и победы Цезаря на море при Александрии
Вскоре к Цезарю прибыл морем от о. Родоса 37-й легион, составленный из остатков армии Помпея и присланный Домицием с продовольствием, оружием, орудиями, машинами и пр. Эта эскадра судов стала на якорь к западу от Александрии (близ места позднейшей башни арабов), потому что господствовавшие в это время года восточные ветры не позволили ей вступить в новую гавань. Дабы спасти ее и ввести в эту гавань, Цезарь вышел из нее со всеми бывшими у него судами, но без войск на них. Египтяне, узнав об этом, выслали против Цезаря все свои суда, но с посаженными на них войлоками. Следствием этого был морской бой, в котором Цезарь взял у египтян одно большое военное судно, другое потопил и, если бы не наступила ночь, то истребил бы или взял бы весь египетский флот; но он успел спастись в старую гавань, а Цезарь торжественно провел мимо него свою эскадру в новую.
Эта неудача египтян побудила Ганимеда значительно удалить флот. Он приказал деятельно исправлять все остававшияся еще в старой гавани суда, собирать нужные для того материалы, собрал все суда, стоявшие в семи устьях Нила для защиты их, и в скором времени имел уже 22 судна в 4 ряда весел, 5 – в 5 рядов и множество меньших разной величины, с опытными и искусными экипажами на них.