Цезарь, прибыв с 6 легионом в Сирию, устроил дела ее, оставил в ней легата и родственника своего, Секста Цезаря, затем сел с 6 легионом на суда и переправился морем в Киликию. Здесь в Тарсе он собрал представителей части Малой Азии и также устроил дела ее. Присутствие его в Риме было крайне необходимо, он знал это, но рассудил, что прежде нежели возвратится туда, ему еще более необходимо было смирить Фарнака и вполне обеспечить себя с этой стороны. Поэтому он двинулся с 4 легионами: 6-м, 36-м и двумя Дейотаровыми и с конницей к Команам. Фарнак старался умилостивить его всякого рода предложениями покорности, на что Цезарь объявил ему свои условия, на которых соглашался принять ее. Но Фарнак вместо того расположился с своею многочисленною армиею в сильно укрепленном лагере на высотах по правую сторону города Зелы, Зилы или Зилеи в Понте (недалеко от нын. Амазии, главного города Сивасского пашалыка в Азиатской Турции), где в 67 г. Митридат В. разбил наголову римскую армию претора Триария. Цезарь, от Коман двинувшийся к Зеле, расположился лагерем в 5 милях (7 верстах) от нее, но несколько дней спустя ночью приблизился к ней на 1 милю (около 1 ½ версты). Впереди лагеря Фарнака находилась цепь высот, а между нею и высотами, на которых был расположен лагерь Фарнака, простиралась равнина, версты в 2 шириною. Эта вторая, передняя цепь высот составляла весьма выгодную позицию. Митридат занимал ее в 67 г., когда разбил Триария, но Фарнак не воспользовался занятием ее. Цезарь, заметив эту ошибку, ночью занял эту цепь высот и приказал своим войскам укреплять на них лагерь.
Сражение при Зеле
31 мая на рассвете Фарнак, увидев Цезаря в такой близости от себя и полагаясь на превосходство сил своих, решился немедленно атаковать римскую армию, прежде нежели она успела бы укрепить свой лагерь. Он построил свою армию в боевой порядок, в 4 линии, имея впереди военные колесницы, спустился на равнину, а из нее двинулся на высоты, на которых находилась армия Цезаря. Последний не хотел верить, чтобы это была действительная атака, но считал наступление Фарнака только ложным движением, с целью воспрепятствовать укреплению римского лагеря. Поэтому он только приказал 1-й линии стоять под оружием и прикрывать укрепление лагеря. Однако вскоре приближение военных колесниц, за которыми с громкими криками следовали все 4 линии армии Фарнака, убедили Цезаря, что он ошибся. Поэтому все войска, занятые укреплением лагеря, должны были покинуть работы, вооружиться и построиться в боевой порядок между 1-ю линиею, уже находившеюся в бою, и между недоконченным лагерем. Не успели они построиться, как 1-я линия уже была прорвана в середине военными колесницами. Положение Цезаря становилось опасным, но, по счастью, 6-й легион, составлявший правое крыло и хотя состоявший только из 1200 чел., но старых, опытных и храбрых ветеранов, опрокинул, после упорного боя, левое крыло Фарнака, уже входившее на высоты, и привел его в совершенное расстройство. Отступление его послужило знаком общего бегства армии Фарнака. Цезарь живо и сильно преследовал бежавших до самого лагеря их и завладел им и всеми тяжестями, казною и сокровищами Фарнака. Последний едва успел спастись и несколько месяцев спустя погиб в бою против одного из подвластных ему владетелей. Армия его рассеялась, а Малая Армения, Каппадокия, Понт, Боспор и Колхида покорились Цезарю. Война с Фарнаком была решена одним сражением и Цезарь уведомил о том одного приятеля своего в Риме тремя словами: veni, vidi, vici (пришел, увидел, победил), которые сделались историческими. «Счастливый Помпей! – сказал Цезарь после сражения при Зеле, – вот те неприятели, поражение которых доставило тебе имя Великого!» В награду Митридату Пергамскому за услуги, оказанные им в Египте, он даровал ему Боспорское царство.
На другой день после сражения при Зеле он поспешно отправился в Рим, под прикрытием отряда конницы.
Действия в Иллирии и Греции
Между тем как Цезарь действовал против Помпея в Эпире и Фессалии, а потом против египтян в Александрии и Фарнака в Малой Азии, приверженцы Помпея, с своей стороны, действовали в Африке, Иллирии, Греции и на море. Действия их в 48 и 47 годах в Африке, заключавшиеся в значительном усилении их в ней, изображены ниже. Действия же в Иллирии, Греции и на море заключались в следующем.