Но Софья не оставила политических амбиций, поддерживала связи с сочувствующими. В Москве хватало и иностранной агентуры, а прежняя правительница уже показала, насколько она предпочтительнее для западных держав. В 1696 г. стрелецкий полковник Цыклер, окольничий Соковнин и стольник Пушкин организовали заговор. Намеревались убить царя, вербовали соучастников. Их разоблачили и казнили. Хотя какие-либо нити, ведущие к царевне или чужеземцам, выявить не удалось. Но гнезда измены, которые начали создаваться в стрелецких частях, судя по всему, сохранились.
В марте 1698 г., когда Петр находился в Европе, взбунтовались полка, стоявшие на западных рубежах, в Великих Луках. Прислали в Москву делегацию из 175 человек, жаловались на тяготы, на задержку денежного содержания. Жалованье им выплатили, но они пришли не только за этим. Предводители стрельцов Василий Тума и Борис Проскуряков искали, как бы связаться с Софьей через ее прислугу или родственниц. Но и ей сестра Марфа сразу же сообщила о появлении делегации, она уже искала контакты. Нашли друг друга быстро, Софье передали «челобитную о стрелецких нуждах», а через Марфу и ее постельницу Туме переслали письмо царевны.
Вернувшись к местам расквартирования, крамольники принялись мутить стрельцов. Рассказывали, будто Петр за границей погиб, наследника Алексея бояре держат в неволе и хотят удушить. Поэтому надо сажать на царство Софью, она всегда была покровительницей стрельцов. В Москву рассчитывали прийти открыто, полки вот-вот должны были сменить. Но и до правительства дошли сведения, что в Великих Луках неладно. Вместо возвращения домой последовал приказ – делегатов, «бегавших» в столицу, арестовать, а полки развести в разные города: Вязьму, Ржев. Дорогобуж, Белую.
Стрельцы побуянили, но вроде бы согласились. Выступили к новым местам службы, только зачинщиков не выдали. Однако покорность была уловкой. Вожаки заранее условились, как действовать. Через день восстали, выгнали офицеров. Полки повернули и снова соединились вместе. Предводители выступали перед общими сборищами, Тума читал письмо Софьи. Впоследствии стрельцы показали: «Был от царевны приказ, чтобы он (Тума), пришед с Москвы в полки, прочел всем стрельцам и словесно б сказал, чтоб они шли к Москве для бунту и побиения бояр, и иноземцев, и солдат, а она де у них в управлении быть хочет».
Некоторые стрельцы не хотели нарушать дисциплину. Но их повели насильно, под угрозами. Правда, стрельцов было всего 2 тыс. Но кричали, что главное – прорваться в Москву, там поддержит чернь, присоединятся другие войска. Намечали, что полки встанут возле Новодевичьего монастыря и обратятся к Софье, призывая ее на царство. Но главнокомандующий Шеин поднял части, оказавшиеся у него под рукой, 2300 человек пехоты и конницы, 25 пушек. Мятежников встретили под Новым Иерусалимом. Уговаривали образумиться, они не желали ничего слушать, открыли огонь. Тогда и по ним ударили всерьез. Бунтовщики стойкости не проявили, хлынули наутек, сдавались. Бегущих переловили.
Следствие подтвердило: мятеж был не стихийным и не случайным. Но Шеин постарался побыстрее закрыть дело. Когда-то он входил в окружение Софьи, и не исключено, что хотел выгородить ее. Участие царевны осталось недоказанным, подлинник письма исчез. А главнокомандующий с ходу вынес приговоры, 122 главных заводилы повесили, 140 человек били кнутом, 1987 разослали в тюрьмы по разным городам. Но вскоре в Россию приехал царь. Поспешная расправа насторожила его. Он заподозрил, что зачинщиков устранили преднамеренно, прятали концы в воду. Возобновил следствие, сам взял его под контроль.
Стрельцов начали трясти «с пристрастием», и открылась куда более опасная картина, чем рисовалась ранее. Обвиняемые показали, что хотели «стать под Девичьим монастырем и бить челом царевне Софье Алексеевне, чтоб она по их челобитью вступила в правительство». Намеревались раздуть широкое восстание, поднять простонародье, вовлечь стрелецкие полки, расквартированные в Москве, Белгороде, Севске, Азове. Планировали убить царя, когда он вернется, уничтожить наследника Алексея, ряд бояр, всех солдат и офицеров Преображенского и Семеновского полков. Допрашивали и Софью, ее сестер, прислугу. Царевна все напрочь отрицала. Но показаниями свидетелей изобличили, что ее письмо к стрельцам существовало, зачитывалось в полках.