Этот жест царя оказался не единственным. В апреле 1566 года по ходатайству земских бояр и дворян во главе с конюшим боярином Иваном Петровичем Федоровым царь снял опалу с одного из главных героев Казанского взятия князя Михаила Ивановича Воротынского, сидевшего под стражей на Белоозере. Выше уже говорилось о том, что столкновения царя с окружающей его знатью еще до наступления опричнины затронули интересы служилых князей на юго-западе России: в 1562 году царь наложил опалу на наиболее могущественных из них, князей Воротынских, и отобрал у них родовое княжество. Один из Воротынских, князь Александр, был со временем помилован, но вскоре умер, а другой, князь Михаил, продолжал сидеть под стражей. При учреждении опричнины один из принадлежавших ранее Воротынским городов — Перемышль — был включен в состав особого «удела», чем, как представляется, царь явно показал желание и далее удерживать родовые владения Воротынских под своей властью. Тогда же у соседей Воротынских, князей Одоевских, царь отобрал и включил в состав своего удела город Лихвин.
Теперь с Михаила Воротынского была снята опала, он вернулся в Москву и уже 9 июня 1566 года обедал за столом у царя. Этим дело не ограничилось. Как следует из завещания князя Михаила, составленного в июле 1566 года, царь вернул ему значительную часть родовых вотчин: города Одоев, Чернь и Новосиль. Конфискация родовых вотчин и княжеской казны («все взято... в государеве опале на государя»), продолжавшаяся несколько лет ссылка разорили одного из крупнейших магнатов России того времени. Он оказался не в состоянии выплачивать свои долги. В своем завещании князь мог лишь выражать надежду, что царь прикажет «снять» с него долги или разрешит выплачивать их в рассрочку («по летам»). И царь оказал ему помощь. Известно, что князь получил из царской казны средства на обновление запустевшего Новосиля.
Еще один важный шаг был предпринят царем летом того же 1566 года. Публично обвиненных им ранее в измене бояр и дворян царь теперь привлек к обсуждению одного из самых важных вопросов внешней политики Русского государства. Начавшаяся в конце 1562 года война между Россией и Великим княжеством Литовским из-за Ливонии после взятия русскими войсками Полоцка, а затем их поражения под Улой затянулась, не давая какого-либо перевеса той или иной из сторон. Недостатки в военной организации Великого княжества Литовского, которые позволили русским войскам добиться столь ощутимого перевеса на начальном этапе войны, не были устранены, но соотношение сил на главном театре уравновешивалось той военной помощью, которую постепенно во все возрастающем размере стала оказывать Великому княжеству Литовскому Польша. Сигизмунду II удалось заключить союз с Крымом и в 1564—1565 годах татары дважды нападали на русские земли. Но союз этот заметно упал в цене, когда в следующем 1566 году султан потребовал от хана выслать войска в Венгрию на поля сражений между Османской империей и Габсбургами. Великому же княжеству Литовскому пришлось вести войну не только с Россией, но и со Швецией, с которой в эти годы у России был мир. Трудности ведения войны на два фронта заставили литовских политиков искать компромисс со своим главным противником.
В мае 1566 года в Москву прибыло «великое посольство» Великого княжества Литовского во главе с одним из первых вельмож этого государства Юрием Александровичем Ходкевичем. Переговоры с ним вели наиболее близкие советники царя Василий Михайлович Юрьев, Афанасий Вяземский и член опричной Думы ясельничий царя и думный дворянин Петр Зайцев. Литовские послы предложили разделить Ливонию между обоими государствами: каждое из них должно было сохранить за собой занятые к 1566 году земли, а те земли, которые находились в руках шведов, следовало «доступати заодин», а затем также «поделити». Такой раздел Ливонии мог быть вполне реальным, так как Швеция в XVI веке не была столь мощной военной державой, как в следующем XVII столетии, и не смогла бы сопротивляться совместному натиску двух своих соседей. Возможно, если бы царь дал согласие на эти предложения, исход Ливонской войны оказался бы иным.