Уже в начале июня в Москве собрались епископы для избрания преемника митрополита, и здесь возникли сложности. По сообщению Курбского, первоначально царь решил возвести на митрополичью кафедру казанского архиепископа Германа Полева. Герман происходил из семьи, тесно связанной с Иосифо-Волоколамской обителью, и сам был постриженником этого монастыря, занимал в нем высокий сан казначея. Для царя, вероятно, это гарантировало благонадежность кандидата. О доверии к нему Ивана IV говорит и тот факт, что Герман Полев получил казанскую кафедру в марте 1564 года, когда вопрос о лояльности советников (в их числе и высших церковных иерархов) приобрел для Ивана IV большую остроту. Между царем и собором святителей была уже достигнута договоренность по поводу кандидатуры Полева, и архиепископ уже въехал в митрополичьи палаты. Однако тут произошло непредвиденное. Он стал беседовать с царем, «воспоминающе... страшный суд Божий и стязания нелицеприятное кождого человека о делех, так царей яко и простых». Напоминание о Страшном суде, на котором придется отвечать за свои поступки, вызвало гнев царя («еще... и на митрополию не возведен еси, а уже мя неволею обвязуеш»), и Полев был удален с митрополичьего двора.
Новым кандидатом на митрополичью кафедру стал игумен Соловецкого монастыря Филипп Колычев. Выбор был необычным и противоречил традиционной практике, когда митрополичью кафедру занимал кто-то из епископов или настоятелей московских или подмосковных монастырей, хорошо известных правителю. Игумен далекой северной обители, расположенной на островах в Белом море, к кругу таких людей не принадлежал. Правда, в годы игуменства Филипп Колычев показал себя образцовым организатором монастырского общежития, построив в своей обители каменные храмы и склады, но все это вряд ли могло послужить основанием для того, чтобы предпочесть его другим кандидатам. Исследователи высказывают предположение, что кандидатуру игумена могли предложить его двоюродные братья — Федор и Василий Ивановичи Умные Колычевы, в то время близкие к царю (в начале 1567 года Федор Иванович Умной Колычев был послан с важной миссией в Литву). Возможно, царь думал, что взысканный его милостью игумен станет его послушным орудием. Но если так, то царь ошибся.
Когда игумену Филиппу была предложена митрополичья кафедра, то он стал говорить, чтобы «царь и великий князь отставил опричнину, а не отставит, и ему в митрополитех быти невозможно»; государство же «соединил воедино, как преже того было». Свидетельство это почерпнуто из официальной грамоты о возведении Филиппа на митрополию, сохранившейся в оригинале, и не может вызвать никаких сомнений. Казалось, Филиппа ждала судьба Германа Полева. Однако этого не произошло. Исследователи задавались вопросом, почему царь в конце концов согласился возвести на митрополичью кафедру человека, который так открыто продемонстрировал враждебность его политике. Известное объяснение позволяет дать анализ текста, который читается в грамоте после изложения требований Филиппа: «и архиепископы и епископы царю о том били челом о его гневе, и царь гнев свои отложил». Очевидно, собор епископов дал понять царю, что он настаивает на избрании именно Филиппа. Между сторонами начались переговоры, которые завершились тем, что 25 июля (более чем через два месяца после ухода Афанасия) Филипп Колычев был возведен на митрополичью кафедру после того, как дал обязательство «в опришнину... не вступатися».