Тяжелую руку Грозного особенно почувствовало на себе новгородское духовенство. Вина его в глазах царя была наиболее тяжкой. Люди, самим своим саном призванные блюсти чистоту веры и хранить православное царство, вступили в сговор с «латинянами» и еретиками. Однако истребить поголовно священников и монахов Новгорода, как это было сделано с приказными людьми, царь не мог. Для них был придуман другой способ наказания. Отряды опричников еще до въезда царя в Новгород разъехались по всем городским монастырям. Церковная казна в каждом из них была запечатана, собранные монахи «яко до пятисот старцов и больши» приведены в Новгород. С каждого из них царь потребовал 20 рублей «новгородским числом». Так как старцы не могли или отказывались платить, их, как несостоятельных должников, поставили на правеж, «и повелеша бити их приставом из утра и до вечера... до искупа бесщадно». Приходские храмы Новгорода также были все запечатаны, а священники и дьяконы поставлены на правеж.
После окончания суда на Городище и казней на Волховском мосту царь с войском стал объезжать новгородские монастыри. Хранившаяся в них опечатанная казна перешла в руки царя, а прочее имущество уничтожалось так же, как некогда боярские дворы в селах Ивана Петровича Федорова. Царь «в житницах хлеб всякой стоячей в скирдах и на полях не молоченой хлеб повеле огнем сожигати и скот их всякой и лошеди и коровы повеле посекати». Та же судьба постигла и «усадьбища боярские» тех новгородских помещиков, которых обвинили в участии в заговоре. Для этого отряды опричников были разосланы по всей территории Новгородского края. Конфискация монастырских имуществ не избавила новгородское духовенство от обязанности уплачивать наложенные на него штрафы. Уезжая из Новгорода, царь приказал тех попов и дьяконов, «которые не искупил ися от правежу», «отсылати за приставы в Олександрову слободу». Еще спустя почти год, 30 декабря, в Новгород прибыл государев посланник «правити на новгородцах от попов, которые на Москве не откупились». За городских священников, которые так и не сумели найти необходимых денег, должен был платить новгородский посад. Что касается монастырей, то в двадцати семи из них после отъезда царя остались приставы, которые продолжали выбивать из старцев деньги. Надзирал за приставами, побуждая их к действию, опричник Константин Поливанов — тот самый человек, который в 1564 году привез в Москву из Слободы грамоты Ивана IV о его отказе от царства. Все это продолжалось в течение многих месяцев. Не выдержав стояния на правеже, погибли записанные в «Синодике опальных» игумен Антониева монастыря Геласий, старец Нередицкого монастыря Пимен и многие другие, имена которых не сохранились. 13 октября 1570 года в Москву повезли выбитые из монахов деньги — 13 тысяч рублей, но лишь 5 января 1571 года «старцев государь велел сняти с правежа».
Все это до поры до времени не затрагивало жизнь новгородских горожан. По свидетельству Штадена, царь «купцам... приказал торговать и от его людей — опричников брать (награбленное? —