Несомненно, царь и его советники уже в дни казней и конфискаций должны были задаваться вопросом, как укрепить царскую власть в Новгороде, чтобы не допустить повторения подобных событий. Вскоре после отъезда царя, 13 марта 1570 года, на Торговой стороне Новгорода началась очистка места для строительства «государева двора». «Государев двор» должен был стать своего рода укрепленной цитаделью, откуда власть могла бы следить за положением в городе. За этим важным шагом последовали другие. В конце февраля 1571 года в Новгород прибыли царские посланцы, объявившие, что царь берет в опричнину Торговую сторону Новгорода и две пятины — Бежецкую и Обонежскую. Часть местных дворян из Бежецкой пятины была выслана, а их поместья, наряду с поместьями казненных изменников, стали раздаваться опричникам. Осенью 1571 года царь нашел нужным даже оказать свое расположение городу, очищенному его усилиями от «измены». 30 сентября 1571 года по его приказу в Слободе мастер Иван Афанасьев слил колокол «в Великий Новъград» — очевидно, взамен большого 500-пудового «Пименовского» колокола, который во время разгрома был снят с колокольни у Святой Софии и увезен в Слободу.
Поход Ивана IV на запад окончился во Пскове. Через неделю после отъезда из Новгорода царь со своим войском подошел к этому городу. Так как планы заговорщиков, по представлениям царя, затрагивали не только Новгород, но и Псков, он намеревался и здесь покончить с «изменой». В данном случае мы не знаем, какие группы населения Пскова царь подозревал в измене. Правда, в черновиках описи архива Посольского приказа 1626 года упоминается еще сохранявшийся в то время «извет про пскович, всяких чинов людей, что они ссылались с литовским королем с Жигимонтом», но в подробной записи о составленном в Москве следственном деле псковичи не упоминаются.
О пребывании царя во Пскове в записках иностранцев сохранились лишь краткие упоминания. Единственный более или менее подробный рассказ читается в Псковской Первой летописи. По словам летописца, когда царь подошел ко Пскову, он услышал колокола, звонящие к заутрене, затем увидел псковичей, стоящих на улицах перед домами с хлебом и солью, и встречающее его духовенство во главе с игуменом Псково-Печерского монастыря Корнилием, и «умилися душею и прииде в чювство и повеле всем воем меча притупити о камень». Однако при обращении к «Синодику опальных» возникают сомнения в правдивости обрисованной летописцем картины. Здесь среди казненных встречаем имя печерского игумена Корнилия, встречавшего Ивана IV при въезде во Псков. Вместе с ним был казнен и некогда переписывавшийся с Курбским печерский старец Вассиан Муромцев. Таким образом, если даже въезд царя в город прошел мирно, то вскоре после его прибытия казни начались и здесь. То, что в итоге Псков не постигла судьба Новгорода, современники единодушно приписывали вмешательству псковского юродивого Николы.
Во всяком средневековом обществе (русское не составляло исключения) наибольшим уважением населения пользовались монахи — люди, порвавшие связи с миром ради служения Богу. В сознании русского средневекового общества юродивые стояли еще выше монахов. Монах, порывая связи со светским миром, становился все же членом корпорации, обеспечивавшей ему строгий, но организованный распорядок жизни и помощь братьев в борьбе с возможными трудностями. Юродивый же порывал ради служения Богу со всеми привычными связями, со всеми формами организации. Его жизнь была крайне суровой: не имея крыши над головой, он даже зимой обитал на улицах; от мороза его защищали лишь разорванные лохмотья, а единственным украшением были железные вериги. Если монах даже самого строгого образа жизни, ушедший от собратьев в затвор, мог искать Бога в безмолвии, то юродивый служил Богу в гуще мира; его поведение, резкое и вызывающее, нарушающее общественные нормы, навлекало на него избиения и поругания. Служа Богу, такой человек сознательно обращал свою жизнь в мучения.
Русские люди, убежденные в избранничестве юродивых, приписывали им сверхъестественные возможности и пророческий дар. Не желающий в этом мире ничего, кроме мучений, не зависящий ни от кого, юродивый мог сказать и сделать то, на что не решился бы никто другой. Английский посол Джильс Флетчер, посетивший Россию в 1590 году, с удивлением записывал о московских юродивых: «Дозволяют им говорить свободно все, что хотят, без всякого ограничения, хотя бы даже о самом Боге». Флетчер записал и рассказ о московском юродивом Василии Блаженном, который «решался упрекать покойного царя (то есть Ивана IV. —