Уничтожение товаров и разрушение торговых помещений еще не было концом новгородского разгрома. Дома новгородцев царь также приказал «ломати, а окна и ворота... без милости высекати». Последние слова «Повести», звучащие несколько странно, подтверждаются свидетельством Штадена: «было иссечено все красивое: ворота, лестницы, окна». Вероятно, и в этом случае имела место какая-то символическая процедура, смысл которой пока ускользает от нас. Во время этих карательных действий погибли и многие посадские люди, которых опричники убивали «без пощадения и без останка». Лишь 13 февраля, почти через полтора месяца после появления опричных отрядов под Новгородом, царь вызвал к себе посадских людей — «из всякой улицы по человеку» и объявил о прекращении казней, а через несколько дней с опричным войском покинул город, направившись во Псков.
Но испытания для запуганных и разоренных новгородцев на этом не кончились. Как отмечено в псковском летописце, царь еще «повеле правити посоху под наряд (то есть снаряжать подводы для перевозки пушек. —
Между исследователями идут споры о том, в какой мере опричный разгром следует считать причиной такого упадка города, какая часть населения Новгорода погибла в этом разгроме. Помимо перечней казненных с указанием имен, в «Синодике опальных» помещена краткая запись, страшная в своей лаконичности: «По Малютине скаске новгородцев отделал тысящу четыреста девяносто человек». Исследователи спорят, говорит ли эта запись об общем числе казненных в Новгороде или 1490 человек убил лишь один из отрядов опричников во главе с Малютой Скуратовым. Однако и цифра в 1490 человек представляется очень значительной для средневекового города, население которого не превышало 15—20 тысяч человек. Возможно, от «морового поветрия» — эпидемии чумы, захватившей Новгород в следующем, 1571 году, людей погибло больше, чем от рук опричников, но именно опричный погром способствовал тому, что запуганные, потерявшие свои запасы и живущие в поврежденных постройках люди стали легкими жертвами «поветрия».
Поведение и самого царя, и опричников в Новгороде показывает, что царь и его советники были убеждены в существовании масштабного заговора, в котором участвовали все слои населения Новгорода. Чтобы подавить этот особенно опасный заговор и предотвратить возникновение новых, царь прибег к мерам еще более жестоким и угрожающим, чем те, которые использовались при расследовании боярского заговора 1567 года. Вместе с тем во время Новгородского погрома ярко проявилось стремление захватить и «выбить» из населения города как можно больше денег и товаров. Все это было не случайно.
По мере того как страна все более втягивалась в долголетнюю, не имевшую конца войну, росли государственные налоги. По расчетам Г. В. Абрамовича, сделанным на основе изучения комплекса новгородских писцовых книг середины — второй половины XVI века, в 70-е годы XVI века реальная тяжесть податей в 3,2 раза превышала уровень 50-х годов. Параллельно с ростом налогов стали возрастать трудности по их сбору; не спасала и жестокость государевых посланцев, безжалостно ставивших неплательщиков на правеж. Будучи не в состоянии уплачивать все возраставшие налоги одни крестьяне бросали свои хозяйства, «бежали безвестно от голоду», другие резко сокращали размеры обрабатываемых земель (налог взимался в зависимости от размера обрабатываемой земли) и тайно пахали запустевшие земли. Трудности усугубили эпидемии чумы сначала 1566—1567, а затем 1570—1571 годов, значительно сократившие количество налогоплательщиков. В таких условиях царь использовал расправу над заговорщиками, чтобы пополнить свою опустевшую казну и наградить своих верных слуг — опричников.