Как и во многих других случаях, хотелось бы знать гораздо больше об этом важном моменте в биографии царя и в истории опричного режима. В действительности, кроме упоминания в записи о новгородском следственном деле, нам неизвестно ничего о причинах опалы, постигшей Алексея Басманова и его сына. Несколько больше мы знаем о причинах опалы Афанасия Вяземского. По сообщению Шлихтинга, один из опричников, царский ловчий Григорий Ловчиков, донес царю на Вяземского, «якобы тот выдавал вверенные ему тайны и открыл принятое решение о разрушении Новгорода». По мнению Р. Г. Скрынникова, Вяземский известил о решении царя архиепископа Пимена, однако из текста Шлихтинга этого вовсе не следует, к тому же сам Шлихтинг утверждал, что донос был ложным. Сообщение Шлихтинга бросает определенный свет на обстановку, в которой произошел разрыв царя с его наиболее близкими доверенными людьми. Лишь в представлении Ивана опричное братство было объединением единомышленников для совместной борьбы с носителями зла. В действительности, братство было прежде всего собранием честолюбцев, рассчитывавших благодаря службе в опричнине достичь влияния, власти и богатства. Первоначально, пока новый режим в стране лишь утверждался, члены братства, по-видимому, испытывали потребность держаться друг за друга, но когда эта цель была успешно достигнута, а возможная оппозиция раздавлена, в верхах опричного двора началась обычная борьба за власть и влияние. Не было ничего удивительного в том, что и в этой среде главным орудием борьбы стали обвинения в измене с фатальными для обвиняемых последствиями.
О судьбе Афанасия Вяземского сведения сохранились лишь в записках иностранцев — Шлихтинга и Штадена. По рассказу Шлихтинга, царь отстранил князя от участия в новгородском походе, приказав ждать в Москве его возвращения. А потом, подобно новгородским священникам, Афанасий Вяземский по приказу царя был поставлен на правеж как несостоятельный должник. Князя постоянно били палками, требуя уплаты все новых и новых денежных сумм. Утратив все имущество, избиваемый, чтобы избавиться от наказаний, указывал на московских купцов, которые якобы были должны ему много денег. Покинувший Россию в сентябре 1570 года Шлихтинг записал, что «несчастный до сих пор подвергается непрерывному избиению». Поскольку имени Вяземского в «Синодике опальных» нет, можно отнестись с доверием к сообщению Штадена, что князь умер в тюрьме «в железных оковах».
Что касается Алексея и Федора Басмановых, то, как рассказывали их потомки в начале XVII века, они были сосланы на Белоозеро и там «их не стало в опале». Присутствие имени Алексея Басманова в «Синодике» не оставляет сомнений в том, что он был казнен по приказу царя. По свидетельству Курбского, царь приказал Федору Басманову убить собственного отца, но это, по-видимому, не спасло сына.
Своих опричных советников царь не стал выводить на площадь с другими арестованными для совершения публичной казни. Не сопровождались их казни и «всеродным» истреблением их родственников. Многочисленные князья Вяземские были удалены из опричного двора, но, как видно из описания Романовского уезда конца XVI века, сохранили здесь свои владения, в том числе и те, что были получены ими в годы опричнины. По Федоре Басманове царь дал на помин души 100 рублей в Троице-Сергиев монастырь, а его сыновей через некоторое время «взял к себе, государю, и те им отца их вотчины, которые были в роздаче, все велел им отдать».
Сам царь, вероятно, считал, что он поступил с бывшими советниками слишком мягко, но в его глазах они были, конечно, самыми худшими из изменников, так как пренебрегли оказанными им милостями и злоупотребили его доверием. Царь не впервые расставался со своими близкими советниками, но на этот раз разрыв должен был оказаться для него особенно болезненным. Речь шла о людях, которых царь сам выбрал из числа ненадежных и неверных подданных за их преданность и верность, рассчитывая, что они будут надежной опорой его власти и защитой от крамольных подданных, но оказалось, что измена проникла в ряды не просто опричников, а в ряды опричного «братства», круга людей, по убеждению царя, связанных с ним не только долгом верности, но и узами своеобразного духовного родства.
Со времени опалы Басманова и Вяземского начались поиски изменников в рядах опричного окружения царя. И результаты не замедлили появиться: по приказу царя был пострижен в монахи в Троице-Сергиевом монастыре, а затем и казнен опричный дворецкий Лев Андреевич Салтыков, был казнен и наиболее знатный из опричных думных дворян царя — Иван Федорович Воронцов. В таких условиях опричное «братство» вокруг царя должно было распасться. Характерно, что агент Московской компании Джером Горсей, появившийся в России в 1573 году и подробно описавший в своих «Путешествиях» последний период правления Грозного, не упоминает о существовании в окружении царя чего-либо подобного.