«Розыск об измене» продолжался вплоть до лета 1570 года, и новые изменники были найдены. Направление поисков во многом определялось тем, что власть в Новгородской земле находилась в руках «приказных людей» — новгородских дьяков и их подчиненных, которых царь и его окружение считали едва ли не главными организаторами заговора. Новгородские дьяки Кузьма Румянцев и Богдан Ростовцев, арестованные в Новгороде, были доставлены к царю, чтобы дать показания о своих связях с другими возможными изменниками. Все группы только возникавшего и еще достаточно немногочисленного чиновничества (в особенности его высшие слои) были тесно связаны между собой. Дьяков московских приказов неоднократно посылали в крупные провинциальные города, чтобы возглавить местную администрацию. В таких условиях допросы и пытки новгородских дьяков должны были привести опричных следователей в среду высшего московского чиновничества, а существовавшие в этой среде, как и в других частях тогдашней русской политической элиты, соперничество в борьбе за власть и влияние способствовали тому, что весьма влиятельные люди не только поддерживали подозрения царя в отношении обвиняемых, но и превращали их в уверенность. К лету 1570 года сыск по делу о новгородской измене был закончен. На площади в Китай-городе поставили плахи. Но когда 25 июля на площадь были выведены обвиняемые и им стали зачитывать смертный приговор, то главными лицами среди обвиняемых стали вовсе не новгородцы.
Главными фигурами среди обвиняемых оказались долголетние советники царя, выходцы из рядовых дворянских фамилий, возвысившиеся благодаря личным способностям и за это царем ценившиеся, — долголетний главный советник царя по вопросам внешней политики, хранитель большой государственной печати дьяк Иван Михайлович Висковатый и царский казначей Никита Афанасьевич Фуников Курцов, близкий родственник одного из крестных отцов царя. В сохранившейся записи о новгородском следственном деле отмечено, что с Висковатым и Фуниковым находились в сношениях новгородские заговорщики, которые вместе с ними царя «хотели злым умышлением извести, а на государство посадити князя Володимера Ондреевича».
Из подробного описания казней, которое оставил находившийся в то время в Москве Шлихтинг, видно, что этим обвинения по адресу «канцлера» (то есть Висковатого) не ограничивались. Его обвинили не только в том, что он обещал передать польскому королю Новгород и Псков, но и в сговоре с татарами и османами, которых он якобы тайно призывал совершать набеги на русскую землю. Именно по его совету султан якобы послал войска на Астрахань. Такие обвинения вряд ли могли исходить от арестованных новгородских дьяков. За ними угадывается лицо, гораздо более знакомое с положением дел в русской внешней политике, а именно один из главных врагов «канцлера» — дьяк Андрей Яковлевич Щелкалов. Именно он зачитывал Ивану Михайловичу эти обвинения и именно он унаследовал его должность, а его брат Василий получил часть владений казненного.
В случае с Висковатым в нашем распоряжении есть редкая возможность проверить справедливость этих обвинений. Когда бежавший в сентябре 1570 года из России Шлихтинг сообщил литовским политикам о казни Висковатого и выдвинутых против него обвинениях, один из ведущих политиков Великого княжества Литовского, подканцлер Остафий Волович написал в письме одному из литовских вельмож: «Не знаю об этих басурманах (татарах и турках. —
Исследователи давно обратили внимание на рассказ Шлихтинга, который проливает свет на истинные причины немилости царя. Судя по его сообщению, Висковатый уговаривал Ивана IV прекратить казни «и просил его подумать о том, с кем же он будет впредь не то, что воевать, но и жить, если он казнил столько храбрых людей». Вероятно, именно такого рода просьба и вызвала у царя подозрение в тайном сговоре его хранителя печати с новгородскими заговорщиками. Вместе с тем для царя был определенный смысл в выдвижении против Висковатого обвинений в сговоре с соседними враждебными России государствами. Произнесенные публично такие обвинения давали собравшемуся на площади народу ответ на вопрос, почему продолжается и никак не закончится Ливонская война, почему русская земля снова подвергается опустошительным набегам татар.