В особом «опричном» государстве царя Ивана Михаил Темрюкович занимал очень высокое положение. Он стоял во главе опричной Думы и командовал в походах опричным войском, а если в походе участвовал сам царь, то стоял во главе царского полка. Этим высоким положением он был обязан свойству с царем. Выше уже говорилось о том, что в отличие от Анастасии Романовны вторая жена Ивана активно участвовала в его делах. В особенности это касалось отношений с Крымом, ибо Мария Темрюковна была родственницей некоторых представителей татарской знати. Так, знатный мурза Ахмет Сулешев писал царю: «А за тобою, государем нашим, Темиргукова княжая дочь, а она мне сестра, а ты нам зять и государь». Ее двоюродной сестрой была главная жена хана Девлет-Гирея Хансюер, с которой Мария Темрюковна находилась в переписке. Смерть царицы 9 сентября 1569 года не отразилась первоначально на высоком положении царского шурина. Отвечая на соболезнования ханши в связи со смертью жены, царь писал: «И в нашем законе хрестьянском обычаи и по смерти тело разлучаетца, а душа от любви духовного совета не отлучаетца. А мы, памятуя свою царицу и великую княгиню Марию, и по смерти ее скровных ее беречи и жаловати вперед ради есмя». Когда сыновья Темрюка попали в плен к татарам, царь хлопотал об их освобождении: «А у нас чего попросишь, и мы тебе против не постоим». Шлихтинг, покинувший Россию в сентябре 1570 года, сообщал, что царь любит своего шурина и «не пропускает никакого случая оказать ему свое расположение», хотя и позволяет по отношению к нему шутки в духе характерного для него юмора; так, по его приказу к воротам дома князя Михаила привязали пару диких медведей и никто не мог ни выйти из дома, ни войти в него.
Однако в следующем, 1571 году его положение пошатнулось. По сообщению Таубе и Крузе, царь приказал казнить жену князя, дочь боярина Василия Михайловича Юрьева, вместе с малолетним сыном. Весной 1571 года в войске, которое сопровождало царя к Серпухову, Михаил Темрюкович уже не был дворовым воеводой, как раньше, а занимал гораздо более низкий пост первого воеводы передового полка. Тогда-то и распространился слух, который привел к гибели кабардинского князя. В своих записках Штаден настойчиво утверждает, что в походе хана на Москву принял участие отец Михаила, князь Темрюк, вместе со своими отрядами. Слух этот, судя по всему, был ложным. В 1571 — 1572 годах сыновья Темрюка по-прежнему находились в плену у хана, а они, конечно, были бы освобождены, если бы Темрюк вступил в союз с Крымским ханством. Происхождение этого слуха объясняется, по-видимому, тем, что Темрюк был не единственным князем Кабарды, у него имелись противники, которых поддерживал крымский хан. Их отряды, вероятно, приняли участие в походе и были приняты за войска Темрюка. Разгневанный «изменой» царь приказал казнить своего шурина. Сообщения об этом Таубе и Крузе, а также Штадена подтверждаются упоминанием в «Синодике опальных» «князя Михаила Темрюковича Черкасского». Позднее выяснилось, что слух об измене Темрюка был неверен. Однако признать, что царский шурин был казнен по ошибке, было нельзя, и поэтому Севрюк Клавшов должен был объяснить в Крыму, что Михаил Темрюкович «ехал из полку в полк и погиб безвестно».