Участвовал И. В. Мушкетов и в работе Постоянной комиссии по земному магнетизму, председателем которой был А. А. Тилло, секретарем — Ю. М. Шокальский, членами — И. В. Мушкетов, К. И. Михайлов, И. Б. Шплиндер и др. На заседаниях неоднократно обсуждались вопросы Курской магнитной аномалии, изучению которой Географическое общество по-прежнему уделяло большое внимание. В 1896 г. по его поручению исследования проводили там сотрудники Парижской магнитной обсерватории, которые открыли вторую полосу с сильными магнитными аномалиями. Курская губернская земская управа обратилась в Географическое общество с просьбой обсудить полученные данные по магнитным аномалиям и указать те пункты, где возможны залежи неглубоко залегающих железных руд. Ответ на этот запрос поручено было дать А. А. Тилло.
18 октября 1896 г. на заседании отделений географии А. А. Тилло высказал мнение, что существование столь значительной магнитной аномалии еще не дает несомненного права заключить о наличии в этом районе железных руд, имеющих практическое значение. С. Н. Никитин, выступивший на этом заседании, указал, что им просмотрены все буровые скважины этой местности до самого Харькова на юге и всюду они вскрывают меловые отложения, под которыми может быть и залегают железные руды. Как известно, это предположение С. Н. Никитина впоследствии подтвердилось, хотя он и сам к нему стал относиться весьма скептически после бурения скважин в 1898 г. в деревнях Непхаево и Кочетовка Курской губернии. Эти скважины, глубиной до 240 м, не вышли из мезозойских отложений, тогда как, по категорическим утверждениям магнитологов, глубины залегания возмущающих магнитных масс здесь должны были быть не более 200—220 м.
В эти годы Географическое общество регулярно выделяло Э. Е. Лейсту, профессору Московского университета, средства для изучения Курской магнитной аномалии и заслушивало его сообщения на заседаниях Постоянной комиссии по земному магнетизму. А 13 марта 1898 г. на заседании этой комиссии А. А. Тилло, отметив, что исследования Э. Е. Лейста в Курской магнитной аномалии как бы продолжают здесь работы Географического общества, предложил передать ему неопубликованные материалы по этим исследованиям, имеющиеся в Обществе, что и было сделано.
В 1897 г. Российская Академия наук организовала особую комиссию по вопросу о создании в России сети сейсмических станций согласно международному проекту. Эти станции должны были иметь высокочувствительные сейсмические приборы. От Географического общества в работе этой комиссии участвовали И. В. Мушкетов и Н. И. Померанцев. Комиссия выбрала пункты для сейсмических станций в городах Тифлисе, Ташкенте и Иркутске. При этом станция в Иркутске должна была быть построена на средства Географического общества.
В 1900 г. при Академии наук была создана Постоянная сейсмическая комиссия, куда от Географического общества вошел И. В. Мушкетов. 31 декабря 1900 г. он доложил об этом на заседании Отделений географии и предложил все материалы по землетрясениям, поступающие в Географическое общество, передавать отныне в Постоянную сейсмическую комиссию при Академии наук. Тем самым Сейсмическая комиссия Географического общества, основанная в 1887 г. И. В. Мушкетовым и активно действовавшая на протяжении 14 лет, прекратила свое существование.
11 января 1900 г. на заседании Отделении географии Ю. М. Шокальский предложил образовать Постоянную комиссию по изучению озер в целях разработки методов их исследования и научного руководства этими работами в пределах России. В нее от Географического общества вошли И. В. Мушкетов, Ю. М. Шокальский, В. А. Обручев, К. К. Гильзен, Л. Н. Зверинцев и др., а также некоторые члены Российского общества рыбоводства и рыболовства (О. А. Гримм, И. Н. Арнольд и др.). 22 февраля 1900 г. состоялось первое заседание Постоянной комиссии по изучению озер России, которое открыл И. В. Мушкетов. В своем выступлении он напомнил о работах, которые уже проводило Географическое общество в этом направлении. Из-за большой загруженности он отказался быть ее председателем, и на это место был избран О. А. Гримм, а секретарем — Ю. М. Шокальский.
Приходилось И. В. Мушкетову заниматься и организационными делами Постоянной метеорологической комиссии, которая входила в Отделение физической географии. В конце 1900 г. он горячо ратовал за сохранение издания «Метеорологического вестника», печатного органа Метеорологической комиссии, — в то время в России единственного специального журнала по вопросам метеорологии, закрытие которого принесло бы ущерб этой науке.
Совет Общества согласился с этими доводами, и на издание «Метеорологического вестника» было выделено специальное пособие (550 руб. в год).