И. В. Мушкетов с большим вниманием относился к исследованиям С. О. Макарова в Северном Ледовитом океане на ледоколе «Ермак» в 1899 г. Так, 8 декабря 1898 г. он доложил на заседании Отделений географии письмо С. О. Макарова с просьбой снабдить его от Географического общества некоторыми приборами (маятником для гравиметрических наблюдений, магнитным теодолитом и др.). Было принято решение оказать всевозможное содействие этой просьбе. В конце июля 1899 г. «Ермак» под командованием С. О. Макарова достиг Шпицбергена, повернул на север и вышел в обширные ледяные поля. В пути встречались мощные айсберги, высотой до 18 м, издали казавшиеся настоящими островами. Один из таких айсбергов был почти сплошь усеян валунами и щебнем. С. О. Макаров направил лейтенантов К. Ф. Шульца и Ислямова обследовать этот айсберг. Они собрали коллекцию камней и откололи кусок льда. Завершив эту экспедицию и возвратившись в Кронштадт, С. О. Макаров направил эти образцы на изучение И. В. Мушкетову с письмом и фотографиями.
Продолжал И. В. Мушкетов большую работу в Географическом обществе по редактированию различных изданий. Под его редакцией вышли т. XXXII, XXXIII и другие «Записок Русского географического общества по общей географии», в которых были опубликованы работы Э. Толля («Ископаемые ледники Новосибирских островов. . .», 1897 г.); А. М. Коншина («Разъяснение вопроса о древнем течении р. Аму-Дарьи», 1897 г.), И. А. Лопатина («Дневник Туруханской экспедиции 1866 года. Обработал М. Н. Миклухо-Маклай», 1897 г.), В. А. Обручева («Центральная Азия, Северный Китай и Нань-Шань. Отчет о путешествии, совершенном по поручению Русского географического общества в 1892—1894 г., т.. 1—2, 1900—1901 гг.). Исследования В. А. Обручева в Центральной Азии, Северном Китае и Няньшане были весьма высоко оценены русской научной общественностью. В 1894 г. ему была присуждена премия имени Н. М. Пржевальского, а в 1901 г. высшая награда Географического общества — Константиновская медаль.
Нужно отметить, что стараниями И. В. Мушкетова увидели свет результаты интересных исследований И. А. Лопатина, который сам не склонен был их подготавливать к печати, что видно из нижеследующего его письма.