Обвинение это было напечатано 23 сентября 1898 г. в «Волжском вестнике» (издатель-редактор Н. К. Реутовский) в виде фельетона «Чумазый в прессе (некоторые страницы из жизни „Самарской газеты")». Под фельетоном стояли подписи А. И. Матова, С. Н. Гусева, А. В. Панова и других журналистов. А. И. Костерин и А. А. Дробыш-Дробышевский, выступившие с опровержением, обратились в Суд чести. В полемике принял участие A. М. Горький, который сотрудничал в Самарской газете в 1895 — 1896 гг. Он отвергал состоятельность высказанных обвинений, опираясь на личный опыт: в бытность его в газете, писал он («Волжский вестник», 1898, № 285, 18 ноября), оплата ее сотрудникам производилась аккуратно, отношение к ним не выходило зд рамки приличий. Более того, по его признанию, он сам остался должен А. И. Костерину 100 руб. и знает другого литератора, который задолжал тому 1000 руб.
Суд чести в составе К. К. Арсеньева, Н. Ф. Анненского, B. Г. Короленко, В. А. Манассеина, И. В. Мушкетова и В. Д. Спасовича провел по этому делу 5 заседаний в 1900 г. (6 февраля, 12 и 23 марта, 12 и 14 апреля) и пришел к выводу, что большинство обвинений в адрес издателя и редактора Самарской газеты безосновательно, а имевшие место недостатки сильно преувеличены в фельетоне.
В Союзе писателей помимо Суда чести была учреждена Юридическая комиссия (под председательством В. Г. Короленко) в основном для разработки вопросов литературного права. В 1898 г. она подготовила записку о нуждах печати и необходимости пересмотра цензурного устава, которая была утверждена на Общем собрании Союза писателей 27 марта 1898 г. и направлена министру внутренних дел.
Союз писателей активно поддерживал прогрессивную общественную деятельность в России. Так, 9 марта 1901 г. он направил министру внутренних дел и министру юстиции протест по поводу насилий, которым подвергались его члены, присутствовавшие 4 марта 1901 г. на студенческой демонстрации у Казанского собора, со стороны полиции и казаков. В этом заявлении также указывалось на необходимость в изменениях законов о печати, пересмотре цензурного устава. Все эти действия Союза писателей, имевшие отчетливую политическую направленность, послужили поводом для его устранения 12 марта 1901 г. по распоряжению министра внутренних дел. Таким образом, во время студенческих волнений 1901 г., когда И. В. Мушкетов прилагал все усилия для облегчения участи арестованных студентов, он сам оказался членом организации, которая по политическим мотивам была в эти дни запрещена царским правительством.
В 1899 г. по инициативе И. В. Мушкетова было организовано Петербургское общество вспомоществования учащейся молодежи из донских казаков, председателем которого он и был избран. В это время в Петербурге проживало уже много выходцев с Дона, служивших в различных столичных учреждениях. И. В. Мушкетов постарался всех их объединить с главной целью оказания помощи молодежи, приезжавшей учиться в Петербург с берегов Дона. Сам он всегда очень тепло относился к своим землякам и постоянно помогал им как мог.
И. В. Мушкетов в эти годы был также членом Общества сельскохозяйственного образования женщин, Кружка для содействия самообразованию, Комиссии по реформе русского календаря, Комиссии по открытию Политехнических институтов в Киеве и Варшаве (1897 г.), Комиссии по подготовке материалов к вопросу о реформе высших учебных заведений и др.
Глава 12
Последние геологические исследования
До апреля 1897 г. И. В. Мушкетов оставался старшим геологом Геологического комитета. Он обрабатывал и печатал в Комитете материалы своих исследований в Киргизской и Астраханской степях (1894 г.) и на Кавказе (1895 г.). Закончив эти работы, вследствие обилия занятий в Горном институте и других учебных заведениях И. В. Мушкетов попросил освободить его от штатной должности в Геологическом комитете, но оставался членом его Присутствия.
В 1897 г. И. В. Мушкетов участвовал в Петербурге в работе VII Международного геологического конгресса, президентом которого был А. П. Карпинский и генеральным секретарем Ф. Н. Чернышев. 17 августа.1897 г. на открытии Конгресса И. В. Мушкетов выступил с приветственной речью от Горного института и был участником геологической экскурсии по Финляндии.