Подозреваю, что маршал Родион Яковлевич Малиновский начал разрабатывать операцию по отправке советских войск и ракет на Кубу скрепя сердце. Он был опытный военный и хорошо знал об американском превосходстве как на море, так и в сфере ракетных вооружений. Маршал понимал, что в случае возникновения военного конфликта, даже с использованием только обычных вооружений, советский экспедиционный корпус на Кубе будет обречен на гибель или плен.
Выбор Малиновским и Хрущевым в качестве командующего экспедиционным корпусом на Кубе генерала армии Иссы Александровича Плиева был неслучаен. Только что, в начале июня 1962 года, Плиев как командующий войсками Северо-Кавказского военного округа руководил подавлением рабочих волнений в Новочеркасске, в ходе которых войсками было убито более 20 человек. Так что и Родион Яковлевич, и Никита Сергеевич знали, что генерал Плиев не из тех, у кого «дрожит челюсть», и в случае необходимости без колебаний отдаст приказ ударить по Америке ракетами со смертоносным термоядерным грузом.
Больше всего Хрущева волновали вопросы секретности предстоящей операции: «Американцы непрерывно летали над Кубой. А Кубу можно разведывать не только прямыми полетами, но и летать параллельно берегу над нейтральными водами, делая снимки почти всей территории острова…
Разработали план: что надо сделать, чтобы не допустить преждевременного выявления с воздуха наших замыслов…
Нужно было, чтобы США не смогли упредить нас и высадить прежде того свой десант под американским флагом или флагом кубинских контрреволюционеров…
Нужно было мобилизовать флот, и только собственный, советский флот… Следовало договориться и с иностранными судовладельцами, чтобы частично зафрахтовать их корабли для перевозки наших обычных грузов…
Наши грузы потекли на Кубу. Корабли шли без военно-морского сопровождения. Все размещалось на тех же кораблях. Когда грузили ракеты, то грузилась и команда в штатском, никто в военной форме туда нами не посылался. Еще раньше мы послали на Кубу войска, которые должны были охранять ракеты, когда они будут поставлены. Эти войска встречали грузы и разгружали их в особых портах, в которые не допускали никаких посторонних глаз.
США не знали, что мы завозим на Кубу ракеты. Потом это стало трудно скрывать. Регулярно потянулись гуськом корабль за кораблем, и эти корабли не заходили в обычные порты, разгружались скрытно. Естественно, разведка должна была сразу же засечь ненормальные явления с транспортировкой и разгрузкой грузов. Если такая секретность соблюдается, следовательно, тут какие-то особо секретные, военные грузы. Американцы стали усиленно работать, чтобы выяснить, какие это грузы. Когда ракеты встали на место, уже не представляло особой трудности узнать, что там были за грузы. Когда мы получили снимки с воздуха, которые были опубликованы американской печатью, то явно было видно, что стоят ракеты класса «земля – земля», то есть для удара с Кубы по США. Американцы правильно расшифровали их. Пресловутые пальмы ничего не прикрыли, и наши «разведчики» постыдно оскандалились…
Очень сложно было переправить атомные заряды. Они шли не вместе с ракетами, потому что атомные заряды, как заявили нам атомщики, нуждаются в особых условиях транспортировки. Мы их отправили на последнем этапе операции. Наш замысел был уже раскрыт, и мы боялись, не проявит ли дерзости военно-морской флот США, не сможет ли он остановить наши корабли и разоблачить нас? Мы даже думали сопровождать корабли, перевозящие атомные заряды, подводными лодками, но все же в конце концов от этого отказались: посчитали, что корабли пойдут под нашим флагом, а этот флаг гарантирует их неприкосновенность. Действительно, такую неприкосновенность американцы соблюдали все время. Но в тот день, когда атмосфера накалилась донельзя, я каждый час ожидал, что они захватят корабли. Не захватили».
24 мая 1962 года на расширенном заседании Президиума ЦК КПСС по инициативе Хрущева было принято решение о размещении советских ракет средней дальности с ядерными боеголовками на Кубе.
С середины июня 1962 года была начата операция «Анадырь» по переброске советских войск и вооружений на Кубу. Всего были переброшены нескольких ракетных полков с БРСД Р-12 и Р-14, а также оперативно-тактические ракеты (ОТР) «Луна» дальностью 60 км, оснащенные ядерными боеголовками, и фронтовые крылатые ракеты с ядерными зарядами.
31 мая Кастро дал согласие на размещение ракет главе советской военной делегации маршалу С.С. Бирюзову.
В конце июня министр обороны Кубы Рауль Кастро и его коллега маршал Малиновский парафировали в Москве секретный договор о размещении на Кубе советских войск. 27 августа по просьбе Кастро в этот договор была внесена поправка о том, что в случае нападения на Кубу советские вооруженные силы, размещенные на ее территории, равно как и правительства Кубы и СССР, используя право на индивидуальную или коллективную оборону, предусмотренное статьей 51 Устава ООН, предпримут «все необходимые меры для отражения агрессии».