Во время Гражданской войны в составе красногвардейского отряда сражался под Нарвой. Затем участвовал в боях с «белочехами» и белогвардейцами на Урале, был начальником связи 3-й армии Восточного фронта. С октября 1918 года чрезвычайный комиссар связи всех фронтов. С марта 1919 года нарком почт и телеграфа Украины. В октябре 1919 — июне 1920 годов начальник связи Южного, Юго-Западного и Кавказского фронтов. С июля 1920 года помощник, затем заместитель начальника, а с сентября начальник Управления связи РККА.
В 1924–1929 годы начальник Военно-технического управления РККА, с 1929 года начальник Управления моторизации и механизации, а с декабря 1934 года — Автобронетанкового управления.
С 1918 года Иван Кузьмич был начальником Отряда особого назначения при Наркомате по морским делам, командовал десантными отрядами моряков в составе Волжской военной флотилии, сформированной в июне из речных судов и группы боевых кораблей Балтийского флота. Сражался с «белочехами» и белогвардейцами в Поволжье. За бои под Елабугой и «выдающийся вклад» в дело разгрома Колчака был награжден орденом Красного Знамени.
В июле 1919 года Волжская флотилия вошла в состав Волжско-Каспийской военной флотилии под командованием Ф. Ф. Раскольникова, которая поддерживала действия сухопутных войск Южного, Туркестанского, а затем Кавказского фронтов. Летом и осенью 1919-го года флотилия и «отряды Кожанова» участвовали в наступлении на Царицын, защите Астрахани, боях под Мариуполем, в апреле 1920 года — в захвате Баку.
18 мая корабли красной флотилии появились у Энзели, крупнейшего иранского порта на южном берегу Каспийского моря. После артиллерийского обстрела на берег были высажены десантные отряды моряков. Размещавшийся в Энзели английский гарнизон отступил в соседний город Решт. Официально целью операции провозглашалось «возвращение Советской Республике кораблей, уведенных белогвардейцами и интервентами». Дело было сделано, казалось бы, можно с победой возвращаться в Баку.
Но «вдруг» выяснилось, что в приморской Гилянской провинции Персии (Ирана) началась революция. Оказывая «бескорыстную помощь персидским трудящимся», советские войска заняли город Решт, где 4 июня было объявлено о создании правительства и Реввоенсовета Персидской Советской Социалистической Республики под председательством Мирзы Кучек-хана. Новоявленному «персидскому революционному демократу» советские друзья передали власть над захваченными населенными пунктами, снабдили его оружием, помогли инструкторами. На рейде Энзели остались советские корабли, но под флагами «независимого советского Азербайджана».
Персидские революционеры немедленно приступили к активным действиям по ленинским рецептам: назначали своих комиссаров, отбирали имущество у «богатеев», конфисковали земли, а главное — резали и расстреливали многочисленных «врагов революции».
В ответ на запросы из Тегерана нарком иностранных дел РСФСР Г. В. Чичерин делал честные глаза и заявлял о невмешательстве РСФСР во внутренние дела Персии. Однако «попытка ведения коммунистической политики в Гиляне» не привела к успешным результатам: революционные шахи делили власть и неутомимо убивали друг друга, не говоря уже о народе. Через год Гилянская республика рухнула, часть ее комиссаров перешла на сторону шахских войск, другая — сбежала в Баку.[10]
Кожанов с сентября 1920 года командовал экспедиционной морской дивизией на Азовском море, действовавшей против войск генерала Улагая на Кубани и войск Врангеля в Северной Таврии. В марте 1921 года отличился при подавлении Кронштадского мятежа, после чего его назначили командующим Морскими силами Балтийского моря. В июле Ивана Кузьмича снова перебросили на юг, сделав начальником Кавказского сектора обороны побережья Черного и Азовского морей. С января 1922 года он занимал должность начальника и комиссара Морских сил на Дальнем Востоке вплоть до их ликвидации в конце года.
В 1924 году Кожанов добился направления на учебу в Военно-морскую академию. После ее окончания в 1927 году, он занимал должность военно-морского специалиста (атташе) при полпредстве СССР в Японии. С марта 1930 года — помощник командира, с сентября — командир эсминца «Урицкий». С ноября 1930 года — начальник штаба Морских сил Балтийского моря. С июня 1931 года — командующий Морскими силами Черного моря, переименованными в 1935 году в Черноморский флот.