Армия была в полном смысле слова обезглавлена. Убито все командование военно-морским флотом, вся «обойма» командующих военными округами и их заместителей, начиная с 1924 года, за исключением Ворошилова и Шапошникова, всё руководство Генерального штаба и управлений, преподавательский состав высших военных учебных заведений. Ротация командования, чехарда перемещений неизбежно вели к снижению уровня боеготовности войск.
Вновь назначенные на должности военачальники первым делом выкорчевывали «вредительские» начинания предыдущих. Так, в Забайкалье в 1937–1938 годы сменились пять командующих округом. Генерал армии М. И. Казаков вспоминал, как его в июле 1937 года, после одного года обучения, досрочно выпустили из академии и направили в Средне-Азиатский округ:
«Буквально через несколько дней после моего приезда был отозван в Москву командующий войсками округа комкор И. К. Грязнов и обратно не вернулся. Его заменил Ока Иванович Городовиков, бывший до этого заместителем у Грязнова. Затем не более двух месяцев пост командующего занимал А. Д. Локтионов, потом — Л. Г. Петровский, а в конце года на эту должность прибыл комкор И. Р. Апанасенко.
Самые добрые воспоминания остались у меня о начальнике штаба комбриге А. К. Малышеве. К сожалению, вместе мы поработали очень недолго. В начале марта 1938 года совершенно неожиданно Малышев был отстранен от должности начальника штаба округа, и на его место назначили меня. Почти одновременно с этим произошел и ряд других замен в руководящем управлении округа…
Частая смена командующих ничего хорошего не приносила. Некоторые из них начинали не с созидательной деятельности, а с реорганизации и ломки всего того, что было создано до них. Это очень отрицательно сказывалось и на решении задач, которые стояли перед войсками, и главное — на настроении командного состава. Нужно было немало усилий, чтобы восстановить у людей уверенность, деловитость».
А «если завтра война»? Видимо, Сталин воевать еще не собирался. По наблюдению Константина Симонова, Вождь уже возомнил, что «может планировать историю».
Не повышало боеспособность армии усиление политического надзора, ликвидация единоначалия и восстановление 10 мая 1937 года института военных комиссаров. Но как без них было обойтись, ведь «комиссар — глаза и уши партии и правительства». Чехословацкий атташе полковник Ф. Дастих по этому поводу писал:
«Для меня совершенно нетерпима теория, что в силу особенностей российской психологии и советской системы Красная Армия способна эффективно действовать на основе, неприемлемой для армий других государств. Я внимательно изучил систему политических комиссаров… Она не может означать ничего иного как разделения командных полномочий».
Тем более, что кроме наличия чувствительных ушей и зорких глаз, во всем остальном комиссары демонстрировали вопиющую безграмотность. В акте о приеме дел Главного управления политической пропаганды новым его начальником осенью 1940 года отмечалось: общеобразовательный уровень политсостава низок: лишь 6,2 % имеет высшее образование, а 71,5 — ниже среднего. Это был еще один комплект бдящих с лупами в руках, в военном деле понимавших меньше, чем комиссары гражданской войны.
Была разгромлена военная разведка — гнездо шпионов. За 1937–1938 годы там арестовали 182 человека. Начальник политотдела этого управления Ильичев доносил Л. З. Мехлису: