С ноября 1927 года он возглавил «беспокойный» Северо-Кавказский округ. На этой должности Иван Панфилович занимался в основном любимым делом — организацией карательных акций. Политика насильственной «сплошной коллективизации», закрытие мечетей, тупое самодурство высокопоставленного советского и партийного быдла привели к тому, что в сентябре 1929 года вспыхнуло восстание, охватившее всю Чечню и ряд горных районов Дагестана.
Нужно было быть законченными негодяями и провокаторами, чтобы в наиболее религиозных районах Кавказа заставлять мусульман заниматься свиноводством и превращать мечети в амбары, а потом вызывать войска для подавления «антисоветских выступлений». Но коммунисты такими скотами и были. А их войска всегда стояли наготове. Под руководством Белова были проведены две «чекистско-войсковые» операции, Шали они брали штурмом с применением артиллерии, но подавить восстание удалось лишь к апрелю 1930 года.
Затем Иван Панфилович побывал в Германии, где перенимал опыт рейхсвера. С 1931 года Белов командовал войсками Ленинградского, с 1935 — Московского военных округов. За боевые отличия на войне с собственным народом получил два ордена Красного Знамени. Военных трудов не оставил.
В марте 1918 года начдива Шапошникова демобилизовали, но уже в мае он добровольно записался в Красную Армию и был назначен помощником начальника Оперативного управления Штаба Высшего Военного Совета Республики, а в октябре возглавил разведывательный отдел Полевого штаба РВС.
В марте 1919 года Борис Михайлович стал первым помощником начальника штаба Наркомвоенмора Украины, в августе — начальником разведотдела, в октябре — оперативного управления Полевого штаба. Принимал непосредственное участие в разработке плана контрнаступления против Деникина в октябре 1919 года и других стратегических операций.
С февраля 1921 года Шапошников — первый помощник начальника Штаба РККА. За заслуги перед Республикой был награжден орденом Красного Знамени. В мае 1925 года его назначили заместителем, а с октября командующим войсками Ленинградского военного округа. Ровно через два года он возглавил Московский военный округ. В мае 1928 года стал начальником Штаба Красной Армии. Решением Секретариата ЦК ВКП(б) в 1930 году был принят в партию без прохождения кандидатского стажа. С апреля 1931 года командовал войсками Приволжского ВО. В апреле 1932 года Бориса Михайловича перевели на должность начальника Военной академии имени М. В. Фрунзе.
С сентября 1935 года он вновь командовал войсками Ленинградского военного округа. Высокопрофессиональный штабист, автор ставшего классическим труда «Мозг армии», Борис Михайлович пользовался большим авторитетом в армии и лично у Сталина.
После срыва мирных переговоров Брест-Литовске в начале 1918 года, германские войска перешли в наступление в Прибалтике. Крейсер «Богатырь», вместе с другими кораблями Ревельской базы, по приказу начальника штаба Балтийского флота А. М. Щастного, совершил переход из Ревеля в Гельсингфорс, а затем оттуда в Кронштадт. С 12 марта по 22 апреля, в сложной ледовой обстановке, балтийцы сумели увести из портов Прибалтики, Финляндии и Аландских островов около 250 боевых кораблей и вспомогательных судов.
За этот подвиг Щастного обвинили «в подготовке контрреволюционного переворота и государственной измене», по приказу Троцкого арестовали прямо у него в кабинете, срочно осудили и расстреляли. Ныне историки утверждают, что с Алексеем Михайловичем расправились за то, что он сорвал ленинский план сдачи кораблей Балтийского флота немцам.