Штаб фронта был создан из штабов 2-й и 3-й латышских стрелковых бригад, а сформированная Вацетисом 5-я армия более чем наполовину была укомплектована латышами и во главе ее встал командир 1-го латышского полка П. С. Славен. В командование 3-й армией вступил Р. И. Берзин.
В августе «белочехам» удалось захватить Казань, а вместе с ней — половину золотого запаса России. Однако в начале сентября красные сумели организовать успешное контрнаступление и нанести поражение противнику. Любимый командующим 5-й полк стал первой советской воинской частью, удостоенной за эти бои Почетного Революционного Красного Знамени. В разгар операции Вацетиса назначили главнокомандующим вооруженными силами РСФСР.
В это время со всех направлений красные латышские полки перебрасывались на запад. К концу 1918 года они были развернуты в две стрелковые дивизии, составившие ядро армии Советской Латвии. Командующим ее был назначен Вацетис, оставаясь по совместительству главкомом. Вторжение на родную землю началось в декабре, и уже к концу января 1919 года была оккупирована большая часть страны. Рига пала 3 января. Главком писал:
«Одной из важнейших задач армии Латвии, являлось очистить долго поливаемую потом и кровью и слезами почву от исторического мусора в виде прогнивших привилегированных верхов старого общественного уклада Прибалтики и расчистить почву для власти трудового народа».
Дальнейшее — понятно. В течение пяти месяцев в Латвии торжествовал режим жесточайшего террора. Целые батальоны палачей не успевали расстреливать, вешать и грабить многочисленный «мусор». Лишь в начале лета «контрреволюционные силы» снова отбили Ригу и вышибли «борцов за правое дело». Армию Советской Латвии переименовали в 15-ю армию, а из нее снова отпочковалась ударная Латышская дивизия.
Но летом 1919 года блистательная карьера Вацетиса в Красной Армии внезапно оборвалась. Все началось с разногласий между главкомом и штабом Восточного фронта. Считая, что главная опасность для РСФСР назревает на Юге, Вацетис предложил остановить успешное наступление против Колчака и передать ряд дивизий Южному фронту. Однако этой идее категорически воспротивились Каменев и состоявшие при нем комиссары. Командующий Восточным фронтом обещал и выделить необходимые дивизии, и добить противника. Свои обязательства Каменев выполнил полностью, а вот авторитет главкома пошатнулся. Тогда Вацетис попытался сместить Каменева, но 8 июля сам был отрешен от должности.
Троцкий вспоминал:
«Оба они были полковниками Генерального штаба старой царской армии. Между ними шло несомненное соревнование, в которое были втянуты и комиссары. Трудно сказать, кто из двух полковников был даровитее. Оба обладали несомненными стратегическими данными, оба имели опыт Великой войны, оба отличались оптимистическим складом характера, без чего командовать невозможно. Вацетис был упрямее, своенравнее и поддавался несомненно влиянию враждебных революции элементов. Каменев был несравненно покладистее и легко поддавался влиянию работавших с ним коммунистов».
Последнее обстоятельство вкупе с успехами Восточного фронта оказалось решающим. Почти сразу после отставки Вацетиса арестовали чекисты по подозрению в причастности к «военному заговору», но вскоре выпустили и с августа 1919 года до конца Гражданской войны он работал в РВС Республики.
С 1921 года Иоаким Иоакимович стал преподавателем в Военной академии РККА.