В августе 1869 года по сербскому паспорту, полученному с помощью поэта Христо Ботева, Нечаев через Румынию выехал в Россию. За осень он создал в Москве и Петербурге свою организацию «Народная расправа» или «Общество топора», в которую вошли десятки человек. Нечаев захотел устроить провокацию в московской Земледельческой академии, которая совершенно бессмысленно и незаслуженно повредила бы многим бедным студентам. Один из них Иван Иванов возмутился, сказал, что выйдет из «Народной расправы» и создаст свою группу. В ноябре 1869 года Нечаев с четырьмя товарищами зверски убил студента Иванова. В декабре Третье отделение, видя, что «Народная расправа» ничего не делает, решило ее ликвидировать. Арестовали около трех десятков человек, но улик против них не было. Во время допросов жандармы узнали об убийстве Иванова и их дела пошли на лад. Через года на суд вывели сто пятьдесят человек. Осудили тридцать семь членов «Народной расправы», сорок четыре человека оправдали. За время следствия, как обычно, несколько человек совершили самоубийство или сошли с ума. Если жандармов не устраивал обычный суд с непокорными присяжными, то в соответствии с Судебной реформой 1864 года людей судили Особое совещание при Министерстве внутренних дел, военные или специальные судьи. В июле 1871 года десятки студентов были отправлены на каторгу и ссылку в Сибирь. Самому Нечаеву удалось бежать за границу.
Александр II был очень недоволен мягким приговором и приказал изменить законодательство, чтобы больше не допустить такого либерализма. По его приказу было создано Особое присутствие Правительствующего Сената, в которое теперь для суда поступали все политические дела, или дела, представленные как политические. Само собой, всех оправданных студентов по делу «Народной расправы» опять арестовали и в соответствии с законом административно сослали на пять лет в Сибирь, запретив учиться. Третье отделение могло продлевать сроки ссылок до бесконечности, каждые пять лет, и часто это делало.
Летом 1872 года в результате жандармской операции Сергея Нечаева арестовали в Швейцарии, через год судили в России, и приговорили к двадцати годам сибирской каторги. Сергей Нечаев заявил на суде: «Во главе империи много людей, живущих по выражению «После нас хоть потоп!» Любые репрессии вызывают ожесточение и порождают многих врагов. Долой царя-кровопийцу!»
«Правительственный вестник» публиковал стенографический отчет с судебных заседаний. Нечаев, считавшийся уголовным преступником, переставал им быть в глазах подданных. По личному приказу Александра II Нечаева вместо Сибири отправили в Секретный дом Алексеевского равелина Петропавловской крепости Санкт-Петербурга. Царь практиковал сажать в тюрьму без суда неприятных ему людей и держать их там до особого распоряжения, забывая, естественно, об их существовании. Через десять лет, в ноябре 1882 года, особо опасный государственный преступник Сергей Нечаев умер, наконец, от жестокого обращения и голода.
После 1871 года в российский оборот вошли новые термины. О тех, кого ссылали в Восточную Сибирь, в Забайкалье, теперь говорили, что они в «Местах отдаленных»; о тех, кого ссылали ближе, в Западную Сибирь, говорили, что они в «местах, не столь отдаленных». Среди значительного количества народников начали вырабатываться принципы общения с жандармами – не выдавать товарищей и использовать суд для пропаганды своих идей. На многочисленных студенческих сходках читали стихи Иоганна Гете: «Лишь тот достоин жизни и свободы, кто каждый день за них идет на бой!»
В революционерах типа Нечаева попытался разобраться Федор Достоевский: «В нашем обществе, особенно среди нынешней молодежи, может быть как никогда велика жажда правды и более того – готовность пойти на все, на любые жертвы и на самопожертвование ради правды – вот национальная черта поколения. Но весь вопрос в том и состоит, что считать за правду». Пытаясь понять, кто виноват в разгорающемся конфликте власти и общества, еще во время нечаевских процессов Ф.Достоевский начал журнальную публикацию своего романа «Бесы»: «Ясно было, что в этом сброде новых людей много мошенников, но было несомненно, что много и честных, весьма даже привлекательных лиц, несмотря на некоторые все-таки удивительные оттенки. Честные были гораздо непонятнее бесчестных и грубых, но неизвестно было, кто у кого в руках»,