К началу периода Мэйдзи относится и новый подъем древней национальной религии Синто, связанный с культом императора. Постепенное упрочение позиций синтоизма в духовной жизни Японии началось приблизительно с XVII века при сближении последнего с конфуцианством чжусианского течения. Конфуцианские идеологи выступали с антибуддийскими высказываниями, подрывавшими авторитет буддийских храмов и духовенства, а также и некоторые политические основы феодального государства, которым управляли военные правители. Эти выступления были возможны, так как конфуцианство являлось государственной идеологией феодальной Японии. Идеи конфуцианства основывались на незыблемости всего существующего, на требовании безоговорочного подчинения подданных своему правителю и признании классовой дифференциации феодального общества в качестве вечного и неизменного закона жизни и поэтому были очень удобны государству.
Взаимовлияние конфуцианства и Синто, впитывание национальной религией японцев конфуцианских принципов, обусловили в народе новый интерес к синтоизму. Свидетельством этому было резкое увеличение паломничества в храмы Синто в конце XVII — начале XVIII века. Храм Исэ, посвященный богине Аматэрасу Омиками, только за два весенних месяца 1705 года посетило свыше 3,5 миллионов паломников. Конфуцианство являлось философско-этическим учением довольно узкого слоя японской интеллигенции, а Синто — народная вера, массовая.
Сближение синтоизма и конфуцианства находило обоснование в идеях и трудах японских философов токугавской Японии. Фудзивара Сэйка утверждал, что синтоистские божества воплотились в правителей Японии и продолжают жить в их потомках. Наиболее ярко положения о соединении Синто и конфуцианства были освещены в работах Ямадзаки Ансая (1619–1682), рассматривавшего конфуцианство как средство для обновления Синто. Учение Конфуция в чжусианской трактовке Ямадзаки Ансай полностью подчинил националистической пропаганде. Он первым сформулировал тезис о национальной исключительности и божественной избранности японцев, что впоследствии было развито в милитаристской Японии и возведено в ранг государственной политики. Согласно концепции Ямадзаки, пытавшегося подвести философскую основу под догматику Синто, основой Вселенной являлось идеальное начало ри (по-китайски — ли, конфуцианский великий принцип). Ри расценивалось как единое божество, воплощающееся во всем, разделяющееся и существующее как восемь миллионов божеств. Единое божество обладает постоянством, неизменностью и неисчерпаемым источником добродетелей и является Кунитокотати-но Микото — богом богов, родоначальником семи поколений богов.
Боги, как отмечал Ямадзаки, живут во всех японцах, действуют через них посредством верноподданности, почитания государства, предков и главы семьи.
По мере разложения феодализма и упадка сёгуната Токугава Синто все более становилось знаменем в руках противников режима бакуфу В XIX веке наивысшего развития достигли идеи возвращения Синто к его древним формам, которые существовали в Японии до прихода из Китая буддизма, конфуцианства и даосизма. Движение по пути реставрации добуддийского Синто получило название Фукко Синто. Сторонники древнего, чистого Синто утверждали, что иноземные идеологии других народов только искажают и уродуют национальную религию японцев, поэтому она должна быть очищена от всего чуждого. Главными идеологами Фукко Синто были в первой половине XIX столетия Мотоори Норинага (1776–1843) и Хирата Ацутанэ (1776–1843). Впоследствии идеология чистого Синто стала теоретическим и политическим базисом, на основе которого было утверждено государственное Синто.
После переворота Мэйдзи новые власти сделали ставку только на Синто, надеясь получить опору среди широких слоев населения и одновременно лишить почвы сёгунскую оппозицию. Таким образом, буддизм и синтоизм поменялись местами. Однако основной причиной взлета Синто была идея божественного происхождения императорской власти, духовного объединения японцев вокруг живого бога и провозглашения милитаристскими кругами страны великой миссии японского народа в Азии с тем, чтобы как можно скорее стать одной из капиталистических колониальных империй. Император, являясь конституционным монархом, будучи в действительности и номинальным правителем, стал официально считаться фигурой священной и неприкосновенной. Этот тезис был закреплен в конституции Японии 1889 года.