20 июля в полдень Канарис сидел у себя дома на Бетацайле в Шлахтензее вместе с «дядей Мау», когда внезапно зазвонил телефон. Это был Штауффенберг, сообщивший, что фюрер мертв: взорвавшаяся бомба отправила его на тот свет. Канарис реагировал в своей типичной манере. Он спросил: «Мертв? Боже мой, неужели русские?» Разумеется, Канарису было прекрасно известно: бомбу подложил сам Штауффенберг, но бывший глава абвера также знал: его телефон прослушивался и каждое слово записывалось. И в самом деле, позднее на допросе Гельмута Маурера, который вел штандартенфюрер СС Хуппенкотен, была предъявлена стенограмма этого телефонного разговора Канариса и Штауффенберга. Канарис, кроме того, в тот момент ясно понимал, что, если даже Гитлер действительно погиб, а сомневаться в словах Штауффенберга у него оснований не было, то ведь помимо фюрера пока еще существовали такие мощные организации, как СС и гестапо. Надо было сначала убедиться, что заговорщики, заменившие Остера и его сподвижников, своевременно приняли меры к ликвидации главного центра террора и тотальной слежки на Принц-Альб-рехт-штрассе. Между прочим, Штауффенберг упомянул лишь Гитлера, а как обстояло дело с Гиммлером и Герингом? Они тоже погибли или сохранили за собой руководство?
Канарис напряженно размышлял, потом спросил «дядю Мау»: «Как ты думаешь, ехать мне в Айхе или на Бендлерштрассе?» Однако вопрос был чисто риторический. Штауффенберг не сказал ему, чтобы он отправлялся на Бендлерштрассе. Если все шло по плану, то там уже собралось достаточно народа, способного организовать дальнейшие действия. Около пяти часов вечера по телефону поступило сообщение – мы не знаем от кого, – что покушение потерпело неудачу. Гитлер остался жив! Значит, он все-таки был прав, постоянно сомневаясь в успешном исходе задуманного! Теперь Канарис уже не колеблется: нужно было поскорее отправляться в Айхе. На место он прибыл после шести часов вечера. Адъютант особого штаба по вопросам экономической войны уже корпел над составлением поздравительной телеграммы в адрес «любимого вождя». Просто отвратительно, но ничего не поделаешь!
Последующие дни Канарис находился почти все время в Айхе и старался разузнать, что предпринимает гестапо. Он отчетливо сознавал величину грозящей ему опасности, но, как всегда, в трудную минуту мобилизовал все свои духовные и физические силы. Как ветром сдуло и утомление, и пессимизм. 22 июля Канарис встретил в Айхе бывшего своего сотрудника, участника движения Сопротивления, знавшего о роли в нем адмирала. Они обменялись обычными приветствиями, не вступая в длительный разговор; оба понимали, что каждый их шаг фиксируется. Канарис лишь заметил: «Да, мой друг, так поступать нельзя. Позвони мне как-нибудь на днях».
Встреча состоялась накануне воскресенья. Когда же знакомый позвонил в понедельник, трубку никто не снял: Канариса уже арестовали. А через день-два арестовали и звонившего. Арест Канариса был произведен в воскресенье, 23 июля, в Шлахтензее лично господином штандартенфюрером Шелленбергом. В этот момент у Канариса находились друзья: дальний родственник Эрвин Дельбрюк (не следует путать с ранее упоминавшимся Юстусом Дельбрюком), бывший сотрудник отдела Остера, и барон Каульбарс. «Дядя Мау» как раз перед этим вернулся в свой рядом расположенный дом, чтобы поиграть на рояле. Он слышал, как подъехал автомобиль, и видел, как Канарис уехал на нем с Шелленбергом. Их путь лежал на Принц-Альбрехт-штрассе. Наступил период длительных допросов и тюремных страданий.