В ночь с 26 на 27 июля 1938 года в квартире Шаховского на Зубовском бульваре (дом 15, квартира 23) был произведен обыск. Сам Дмитрий Иванович был арестован и конвоирован во внутреннюю тюрьму НКВД на Лубянке. Как показывают материалы дела, Шаховской уже давно находился в «агентурной разработке». Без предъявления официального обвинения Д. И. Шаховской почти месяц находился в тюрьме, и хотя до 20 августа 1938 года протоколов допроса в его деле нет, историк предполагает, что все это время он подвергался дознанию. В архиве В. И. Вернадского хранится письмо его племянника Г. Г. Старицкого от 4 августа 1944 года, который сообщал: «Еще раз отвечаю на твой вопрос о Дмитрии Ивановиче. Мой знакомый сидел с ним на Лубянке во внутренней тюрьме НКВД, после этого Дмитрия Ивановича куда-то перевели и он его больше не встречал… Он мне говорил, что Дмитрия Ивановича заставляли назвать имена его знакомых, но он отказался. Дмитрия Ивановича долго держали на следствии, заставляли стоять сутками без сна, и у него пухли ноги; но он был тверд и не терял бодрости духа».
В следственном деле сохранились протоколы допросов. Они проводились в любое время суток. Только в третьей декаде августа арестованного четыре раза вызывали на допрос (20, 21, 25, 27 августа). С небольшими интервалами допросы продолжались до 3 ноября 1938 года. Но они не дали ожидаемого результата. 3 ноября 1938 года следователь Миронович обвинил Шаховского в том, что он использует предоставленную ему возможность «собственноручно изложить свои показания для провокационных попыток». Следователь потребовал «рассказать всю правду о деятельности контрреволюционной организации», членом которой якобы являлся Шаховской, заявлял, что Дмитрий Иванович и так «полностью изобличен» сообщниками.
Дело в том, что Шаховской в ходе следствия не скрывал своего участия в нелегальной деятельности ЦК кадетской партии с 1917 по 1922 год. Однако он категорически отказывался давать какие-либо показания о «контрреволюционной деятельности в дальнейшие годы и о других участниках кадетской нелегальной организации». 2 ноября 1938 года ему было официально предъявлено обвинение, в котором он квалифицировался как «один из руководителей антисоветской нелегальной кадетской организации в СССР, ставящей своей целью свержение Советской власти и восстановление капиталистического строя с помощью интервенции фашистских государств». Шаховской привлекался к ответственности по статье 58 пункты 3, 6, 8, 11, 17 Уголовного кодекса РСФСР.
Уже в Лефортовской тюрьме начался новый виток допросов, причем время следствия несколько раз продлевалось. Под давлением следователей 28 ноября 1938 года Шаховской вынужден был написать заявление следующего содержания: «Признаю себя виновным в том, что являлся участником подпольной кадетской организации с 1919 года. В составе этой организации все вели антисоветскую деятельность. Кроме меня, в эту организацию входили находившиеся в Москве бывшие члены Центрального комитета кадетской партии. Показания, как о своей преступной деятельности, так и своих соучастников, я обязуюсь дать с исчерпывающей полнотой».
Но никакого раскрытия данного тезиса не последовало. Более того, 25 декабря 1938 года Шаховской отказался каким-либо образом конкретизировать свою «контрреволюционную» деятельность после 1922 года. В ответ на вопрос следователя: «Намерены ли вы сегодня на следствии говорить правду о своем участии в контрреволюционной деятельности кадетов?» — Шаховской категорически заявил: «Никакого участия в кадетской контрреволюционной организации я не принимал с 1922 года и ничего по этому поводу показать не могу». Не помогла следствию и очная ставка Шаховского с Котляревским, состоявшаяся 7 февраля 1939 года. В ходе ее Дмитрий Иванович подтвердил, что «ни о какой кадетской организации до следствия не слыхал».
На последнем листе следственного дела (с которым историки смогли ознакомиться лишь совсем недавно) Д. И. Шаховской, уже слабеющей рукой, написал: «Я, арестованный Шаховской, если бы мне была представлена улика, хотя бы в одном из моих преступлений, конечно, рассказал бы о других преступлениях, которых у меня нет».
Академик В. И. Вернадский, лауреат Сталинской премии и орденоносец, неоднократно обращался в Президиум Верховного Совета, требуя освобождения Дмитрия Ивановича. Мужественно, не считаясь с соображениями собственной безопасности, В. И. Вернадский встал на защиту своего дорогого друга и близкого человека. 17 декабря 1938 года он направляет письмо А. Я. Вышинскому с просьбой об аудиенции. 20 декабря 1938 года такая встреча состоялась. Однако каких-либо положительных результатов она не дала. Д. И. Шаховской оставался в тюрьме. В июле 1939 года Владимир Иванович направляет еще несколько писем А. Я. Вышинскому. А в мае 1940 года В. И. Вернадский ходатайствует перед новым наркомом внутренних дел Л. П. Берией о смягчении участи Дмитрия Ивановича, не зная о том, что его уже больше года нет в живых{407}
.