20 февраля 1939 года следствие по делу Д. И. Шаховского было завершено, и уже через три дня обвинение было утверждено начальником следственной части НКВД СССР комиссаром госбезопасности 3-го ранга Кобуловым, а 25 марта заместителем прокурора СССР Рогинским. 13 апреля 1939 года под председательством Ульриха состоялось предварительное заседание Военной коллегии Верховного суда СССР, на котором было заслушано дело с обвинительным заключением НКВД СССР о предании Военной коллегией Верховного суда СССР Д. И. Шаховского уголовной ответственности по статье 58 пункты 6, 8, 11 в порядке закона от 1 декабря 1934 года. Было принято решение заслушать дело Шаховского в закрытом судебном заседании без участия обвинения и защиты и без вызова свидетелей. В тот же день Шаховскому была вручена копия обвинительного заключения.
14 апреля 1939 года состоялось закрытое заседание выездной сессии Военной коллегии Верховного суда СССР. В ответ на вопрос председательствующего, признает ли подсудимый себя виновным, Дмитрий Иванович заявил: «Виновные Себя признаю в том, что до 1920 года вел активную борьбу с Советской властью. Что же касается последующей антисоветской деятельности, то в этом себя виновным не считаю, так как никакой антисоветской работы не проводил, поскольку примирился с существованием советской власти». Тем не менее Шаховской был приговорен к расстрелу с конфискацией имущества. На следующий день, 15 апреля 1939 года, Д. И. Шаховской был расстрелян — по одним данным, на полигоне в Бутове, по другим — в Коммунарке.
О расстреле Шаховского не знали ни родные, ни друзья. Его старшей дочери Анне Дмитриевне сообщили, что отец осужден на «10 лет без права переписки» и отправлен «в дальние лагеря». Сохранялась надежда, что Дмитрий Иванович жив. 5 мая 1940 года Вернадский обратился с письмом к Берии: «Я дружен с Дмитрием Ивановичем почти 60 лет — все время мы прожили друг с другом душа в душу, находясь в непрерывном, ни разу не нарушенном, идейном общении. Между нами не было тайн, и я, как все ему близкие, страдающие от несчастия, его постигшего, не сомневаемся в том, что он верно и глубоко служил до момента своего ареста товарищем Ежовым своей стране и своему народу — в рамках Советской власти, восстановившей и восстанавливающей после глубокого развала строй, мощь и мировое положение нашего народа и государства. Русская беспартийная интеллигенция здесь работала и работает плечо с плечом с коммунистической партией сознательно — верой и правдой. Восстановление и рост народа и страны в широкой постановке есть наше общее дело, общее достижение. Д. И. Шаховской — один из самых замечательных людей нашей страны — глубокий, широкого образования. Искренний и морально честный демократ. Моральной исключительной высоты… Мне 77 лет — я знаю по-своему, как хрупка организация стариков в зависимости от внешних условий жизни. Выдержал ли испытание организм Дмитрия Ивановича?.. Здоров ли Дмитрий Иванович Шаховской? Я думаю, что я не выхожу за пределы того, что Вы можете сделать. Очень прошу Вас ответить мне».
В аппарате Берии была подготовлена «справка», согласно которой следовало, что 11 июня 1940 года академику Вернадскому было сообщено, что Д. И. Шаховской в конце января 1940 года, «находясь в одном из лагерей НКВД, умер». По официальным же каналам на неоднократные письменные заявления Анны Дмитриевны давалась другая информация, согласно которой ее отец якобы жив и находится в лагере. И лишь 23 сентября 1940 года начальник 1-го спецотдела НКВД Калинин на очередном обращении АД. Шаховской написал следующую резолюцию: «Полагал бы необходимым подтвердить о смерти Шаховского Д. И.». 30 сентября 1940 года такая справка в порядке приказа НКВД СССР от 11 июня 1939 года была подготовлена. В ней говорилось: «Шаховской Д. И., 1862, умер в лагере 25. I. 40 г. Причина смерти эндокардит (паралич сердца)». 19 октября 1940 года семья Шаховских получила официальное извещение о смерти Д. И. Шаховского. Через 16 лет Анна Дмитриевна дважды (1 июля и 19 октября 1956 года) обращалась в Военную прокуратуру СССР с заявлением о пересмотре дела своего отца, «умершего в лагере». 9 июля 1957 года Верховный суд СССР отменил приговор Военной коллегии Верховного суда СССР от 14 апреля 1939 года в отношении Д. И. Шаховского и прекратил дело за отсутствием состава преступления. Однако подлинная дата и причина гибели Д. И. Шаховского стали известны лишь спустя 34 года после реабилитации, в 1991 году{408}
.Историк, занимающийся описанием жизни ушедших людей, вольно или невольно обращает внимание на такие факты биографии своих героев, которые, на его взгляд, имеют символическое значение.