С каким-то мистическим постоянством взлеты и падения «Строителя» совпадали с радостными событиями и проблемами в жизни ЧАЭС. 9 сентября 1982 года в первом реакторе произошло частичное разрушение графитовой оболочки в активной зоне. Когда охладитель не справляется с теплом, выделяемым энергоблоком в результате ядерной реакции, выделяются ядерное топливо и радионуклиды, способные выдержать цепную реакцию (делящиеся побочные продукты). Технологический канал был фактически разорван, а выброс радиоактивных веществ загрязнил территорию неподалеку от станции. Существуют две версии произошедшей аварии, и обе должны были заставить насторожиться руководство станции и всей отрасли. Одни считают, что выводивший тепло механизм прекратил работать из-за нарушений работниками ЧАЭС инструкций, регламентировавших поканальный расход воды или из-за попадания инородного объекта в канал. Другие доказывают, что дело в технологии производства циркониевой трубы, которую завод изменил самовольно. Как бы то ни было, обе версии подтверждают вину в аварии человеческого фактора, будь то ядерщики, руководившие испытаниями, или технологи на производстве комплектующих. Инцидент по возможности замяли, ни о каких выбросах сообщать не стали, и после трех месяцев ремонтных работ реактор вновь заработал. Поврежденный канал и участок активной зоны возле него больше никогда не использовались в работе энергоблока.
В «Строителе» тоже не все было ладно. Станислав Гончаренко ушел из команды в кировоградскую «Звезду», а выступления клуба в чемпионате КФК третьей зоны стали настоящей катастрофой. Футболисты из атомограда заняли последнее место в турнирной таблице (благо вылетать оттуда было просто некуда), выиграв всего два матча из 14 и проиграв восемь. Во всех этих играх «Строитель» забил всего 6 голов, пропустив 17. «Восход» из Киева занял первое место в третьей зоне, повторив успех «Рефрижератора» прошлого года и став бронзовым призером чемпионата КФК Украины. Но в этом ужасном с футбольной точки зрения сезоне у болельщиков команды из Припяти была и своя ложка меда: «Строитель» второй раз подряд стал чемпионом Киевской области. В 1983 году клуб третий раз подряд завоевал областное чемпионство, что до этого удавалось лишь одной команде в истории. В соревнованиях на Кубок области припятчане вылетели на стадии четвертьфинала, а обладателем трофея стал только что образованный клуб «Динамо Ирпень» (сейчас «Рось») под руководством одного из лучших футболистов в истории киевского «Динамо» Виктора Каневского. Эта же команда победила в чемпионате КФК третьей зоны, а затем стала победителем межзональных соревнований, получив профессиональный статус и путевку во Вторую лигу чемпионата СССР. «Строитель» улучшил свои показатели по сравнению с прошлым годом, заняв шестое место в турнирной таблице.
22 декабря 1983 года, в День энергетика, который отмечался в Припяти с большим размахом, жителям СССР сообщили, что четвертый реактор Чернобыльской атомной электростанции имени Владимира Ильича Ленина был запущен 20 декабря и начал свою работу в штатном режиме. В этот счастливый для многих атомоградцев день никто не мог даже предположить, что ровно через 400 дней именно реактор номер 4 станет причиной катастрофы, которая уничтожит молодой город.
Со следующего года футбольный клуб «Строитель» начал набор в детскую и юношескую команды, которые приняли участие в нескольких молодежных областных турнирах.
В чемпионате Киевской области припятчане не сумели стать чемпионами в четвертый раз подряд, уступив «Сельмашу», а в чемпионате КФК вновь стали шестыми, пропустив при этом 23 мяча в 14 матчах (хуже оказался только «Машиностроитель» из Бородянки с 28 голами). После такого неутешительного сезона в клубе сменился вратарь, а также пришли сразу два новых защитника, в надежде поправить дела в обороне. Уже в сезоне 1985/86 это принесло свои плоды, когда «Строитель» стал серебряным призером в третьей зоне чемпионата КФК, забив в 14 играх рекордные 35 голов и пропустив всего 11. Правда, даже этого им не хватило, чтобы обойти «Нефтяник Ахтырка», который завершил сезон в ранге чемпиона, одержав 11 побед и проиграв всего одну игру. Чемпионат Киевской области вновь ускользнул от команды из Припяти, которая уступила своему главному сопернику прошлых лет – «Машиностроителю».